1、 所有的蛋白都能被修饰吗？都能被甲基化，乙基化，磷酸化等等？http://www.biotrainee.com/thread-450-1-1.html

2、所有的蛋白都能找到抗体吗？http://www.biotrainee.com/thread-451-1-1.html 抗体有效性如何评价？蛋白质有抗体，蛋白质被修饰后修饰位点又有特异性抗体？抗体获取实验环节耗时如何？

3、蛋白质的修饰，主要就是甲基化，乙酰化和磷酸化！ 这3种修饰(methyltranferase/acethytransferase/phosphatase)，有一些是蛋白质特异性，比如只针对histone，有一些是氨基酸特异性，有一些是广谱的。 甲基化的重点是arginine和lysine，包括PRMT系列和KMT系列，去甲基化主要有JMJD6和KMD系列。 其中PRMT4改名为CARM1。 KMT6改名为EZH2 。 乙酰化的重点是 HATs家族 ,去乙酰化是 HDACs。虽然它们的名字里面带有histone，但其实它们可以作用于其它蛋白质。 磷酸化只能发生在Serine/Threonine/Tyrosine这3个氨基酸上面，统称为kinase，主要是MAPK系列，去磷酸化由有DUSP系列，PTP系列，PPP系列基因。 这个重点是酶与底物的结合！

4、那么既然这么多修饰，我们随便拿其中一个修饰来看看，比如HAT酶，就是给组蛋白的K氨基酸乙酰化的酶，迄今为止，已鉴定的人HAT可分为以下五大类。 (1)Gcn5相关N—乙酰基转移酶(GNAT)超家族： (2)P300／CBP： (3)TAF250： (4)核受体共激活因子： (5)MYST家族： 这是第一个协作任务，那么能把这个完整列表得到吗？ gene symbol即可 ，加上分类

5、上面我们说到，组蛋白的K氨基酸乙酰化的酶叫HAT系列，你们可以在genecard上面查一下，就明白了，但实际上，它们应该改名叫做KAT，因为它的重点是K(氨基酸)，不是H（histone），这个你们记住，第二个协作任务，把里面的信息搞清楚，历史遗留原因，它被这样命名了。

6、既然组蛋白的K氨基酸可以被乙酰化，根据动态平衡的定律，必然有去乙酰化的酶。 组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)是一类蛋白酶,对染色体的结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用。一般情况下,组蛋白的乙酰化有利于DNA与组蛋白八聚体的解离，核小体结构松弛，从而使各种转录因子和协同转录因子能与DNA结合位点特异性结合，激活基因的转录。而组蛋白的去乙酰化则发挥相反的作用。 而人有18个HDACs，分成4类！ 并不是所有的HDACs都被做过CHIP-seq，你们帮我备忘一下，我需要查一查哪一些做过。第三个协作任务。那么能把这个HDACs完整列表得到吗？ gene symbol即可 ，加上分类

7、谈到CHIP-seq这个技术，它只是表观研究领域最早最成熟的而已，其实目前有非常多的类似的技术，大家在我们-生信技能树论坛的表观版块可以找到。http://www.biotrainee.com/forum-47-1.html 这是我们的第4个协作任务，你们需要熟悉这个版块，把还没有介绍过的seq技术补全，搜集资料补全即可。

8、前面谈到乙酰化和去乙酰化，初学者会有一个绝对的观点，就是乙酰化就是促进转录，去乙酰化就是抑制转录。同理，很多人会以为，H3K4, H3K36, and H3K79, 这样的active marker，就是激活转录，H3K9, H3K27, and H4K20.这样的repression marker就是抑制转录。同理，大家做一个总结，大家公认的这样的marker的表格，这个是第5个协作任务。大家领取协作任务之前，在这个聊天小群聊一下。

9、前面我们提到了H3K4, H3K36, and H3K79, ，H3K9, H3K27, and H4K20 这些东西，大家可能有人都还不知道，这些组蛋白修饰是什么意思，强烈建议看一下一篇综述，了解组蛋白(包括其它蛋白)可以被哪些修饰，有哪些被研究的修饰可能性。Chromatin Modifications and Their Function

10、接下来，我们说一说转录因子，真核生物的转录非常复杂，转录因子和转录复合物扮演的角色非常重要。转录因子，必然是蛋白质，那么比如也是人体的基因编码的。人人类的基因是已知的，就那么两万多个。而转录因子的定义是已知的，所以理论上我们是可以拿到所有的转录因子列表的，对人类来说，参考:http://www.biotrainee.com/thread-131-1-1.html。而且可以根据重要性，对转录因子进行排序。这是第6个协作任务。转录因子的总结

11、谈到了转录因子和组蛋白，那么我们就要思考一个问题。它们是最主要的CHIP-seq的IP，那么是不是只有转录因子和组蛋白可以做CHIP-seq呢？显然不是，转录复合物，POLY II 的各个组分都可以，PRC1，PRC2也可以，大家还可以提出其它的复合物。这是第7个协作任务，做一个完善的转录相关复合物列表。

12、既然我们把转录因子和组蛋白，转录相关复合物都说完了，是不是CHIP-seq的IP就到处为止了呢？要做CHIP-seq，我们的IP必然跟DNA有联系，这个联系可以是直接的，必然histone包围DNA，必然转录因子结合promoter，必然poly II 复合物结合DNA，那么其它核内蛋白，难道就不跟DNA相接触了吗？那么这是第8个协作任务， 人的2万多个基因里面，还有哪些是核内蛋白，一个完整的列表。

13、说到了核内蛋白，那么它是不是就一定会跟DNA接触了？如果接触，IP抓取这个蛋白的同时就能抓取DNA序列，就有CHIP-seq数据来进行下游分析。如果这个蛋白跟DNA接触了，它是不是就落入了转录因子的定义呢？转录因子分成general和specific的，转录因子有3个区域，看起前面的示意图。什么样的蛋白才有跟DNA接触的生物学基础呢？参照转录因子的3个结构共性。这是第9个协作任务。

14、那我们再谈一谈基因研究的问题，基因必然有promoter区域，有可能被某些specific的TF结合，这个就很值得研究，有数据库。gene的3'UTR区可以预测它是否被miRNA调控。基因必然可以被knock -down or OFF，或者overexpression，这个叫做基因的permutation，那么，哪些基因被研究过，被做过permutation呢？这是第10个协作任务。

15、说到基因的permutation，那么它在不同的tissue，不同的cell line，不同的disease状态，不同的处理，会有不同的后果。这就是大部分文章的终极意义。其中我上面提到的各种酶，各种转录因子，是优先被研究优先被做permutation的。

16、factorbook里面有encode计划的高标准TF，对人来说，有167个(http://www.factorbook.org/human/chipseq/tf/)，那么它们的CHIP-seq数据的bam文件和peaks文件都可以拿到，TSS，genebody的profile图和热图，都可以拿到。这个是chipseq数据结果的理解，第11个协作。找到CHIP-seq的可视化图片，越多的类型越好。我会在两个月后给大家一个视频讲解。争取让大家都理解为什么要做CHIP-seq，已经做完CHIP--seq的结果有什么生物学意义

17、factorbook里面有encode计划的高标准TF，对人来说，有167个, 但是却有，837个实验数据，因为TF可以在不同的细胞系发挥作用，大家可以检查两个细胞系看看差异到底有多大，有一个大致的印象。这是第12个协作任务，会下载数据的，可以试一下。然后也是因为同一个TF，有多个不同商家的IP，这个问题就来了，IP的重要性不需要我多说了，这是第13个协作任务，搜集类似的关于IP的重要性的资料。

18、encode计划采用4种高通量测序技术来刻画了超过100种不同的细胞系或者组织内的全基因组范围内的基因调控元件信息。但是我们目前只关心CHIP-seq的技术手段的结果。所有数据从raw data形式的原始测序数据到比对后的信号文件以及分析好的有意的peaks文件都可以下载。下载方法见：http://www.bio-info-trainee.com/1825.html 包括ENCODE官网下载,UCSC下载，ENSEMBL下载，broad研究所数据，IHEC存放的数据，还有GEO下载这6种形式！！！这是第14个协作任务，下载H3K4me3和H3K27me3的任意一种细胞系的peaks，然后看看它们的peaks的overlap情况。

19、第15个协作任务，上面我们谈到了encode计划涉及到的100种细胞系，那么有一个细胞系收集整理表格，有人已经做好，你们需要查询到，然后整理一份，跟大家讨论，我们要记住一些常见的细胞系的名字。(这个我手上有！)

20、熟悉一下3个数据库， http://cistrome.org/db/#/ http://www.genecards.org/ http://biocc.hrbmu.edu.cn/GPA/AdvFuncSearchAction 其中GPA来看某个基因被干扰是否影响某个基因的表达，正反查询均可。 cistrome查询某个chip-seq是否被做过，结果是怎么样的！ genecard里面增加了调控原件这个信息，大家可以了解一下。 如果你了解了这3个数据，就做一个调研吧，这是第16个协作任务，EGR1和EZH2两个基因相互作用关系

21、一些图要看懂： 

22、一些图要看懂：