净度是影响彩色宝石价值的一个重要因素，尤其是在目前的中国市场环境下。
彩色宝石被切磨以闪烁光芒，并以有趣的方式展示它们的颜色。如果宝石有瑕疵遮盖了光芒, 那么这颗宝石就没那么有趣了。因此，对于每一种彩色宝石来说，都有一个与净度相关的价值曲线。一些名贵的彩色宝石几乎总是被发现有内含物，而另一些则通常是肉眼干净的（不放大就看不到内含物）。
有一些内含物实际上有助于提升宝石的价值。例如，微小的光散射内含物，通过将光转移到通常不会穿透的区域，从而提高了克什米尔蓝宝石的颜色均匀度。由此产生的柔和外观提高了克什米尔蓝宝石的价值。
还有更特殊的，就是彩色宝石的猫眼效应及星光效应，都是因为含有丰富内含物，才会出现的，提升宝石价值的例子。
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