基本概念
Nextflow，灵活的，优秀的，框架与DSL （Domain specific language）
其实我觉得，对于我目前的认知来看，那么有点应该是：
- 缓存
- 并行（自动处理好中间文件，不会导致文件覆盖）
- 模块化
- 管道（管道正如文件一样处理）
- 高度流程可重现
步骤与管道
Nextflow流程可用于合并不同的处理步骤。每一个步骤可以使用不同的语言（如Bash, Per, Ruby, Python, etc.）. 而每一个步骤之间会有自动化的异步IO，使得不同进程不会有写入冲突（亮点）。此外每个步骤可定义多个输入输出（也是亮点）。
一个Nextflow脚本示例：
params.query = "$HOME/sample.fa"
params.db = "$HOME/tools/blast-db/pdb/pdb"
db = file(params.db)
query = file(params.query)
process blastSearch {
input:
file query
output:
file top_hits
"""
blastp -db $db -query $query -outfmt 6 > blast_result
cat blast_result | head -n 10 | cut -f 2 > top_hits
"""
}
process extractTopHits {
input:
file top_hits
output:
file sequences
"""
blastdbcmd -db ${db} -entry_batch $top_hits > sequences
"""
}
配置一些参数
随着环境的改变，总是需要配置一些参数
process {
executor='sge'
queue = 'cn-el6'
}
env {
PATH="$PWD/bowtie2:$PWD/tophat2:$PATH"
}
