hisat2比对回基因组
!/bin/bash
定义参考基因组索引文件前缀（不是路径）
GENOME_INDEX="~/carp_RNAaeq/02_hisat2Mapping/xxxxx" 错（绝对路径）
定义输出目录
INPUT_DIR="~/carp_RNAaeq/01_trimmomaticFiltering" 错（绝对路径）
OUTPUT_DIR="~/carp_RNAaeq/02_hisat2Mapping" 错（绝对路径）
使用的线程数量
THREADS=4
定义配对文件数组
declare -A paired_files=(
[RB1]="RB1_F_paired.fq.gz RB1_R_paired.fq.gz"
[RB2]="RB2_F_paired.fq.gz RB2_R_paired.fq.gz"
[RB3]="RB3_F_paired.fq.gz RB3_R_paired.fq.gz"
.
.
）
循环遍历配对文件并运行Hisat2比对
for sample in "{paired_files[
{files[0]}
R_READ=OUTPUT_DIR/${sample}.sam"
echo "正在处理样本 $sample ..."
hisat2 -p $THREADS -x $GENOME_INDEX -1 $F_READ -2 $R_READ -S $OUTPUT_SAM
echo "样本 $sample 比对完成，结果保存在 $OUTPUT_SAM"
done
echo "所有样本比对完成。"
执行以上脚本
chmod +x run_hisat2_paired.sh
nohup ./run_hisat2_paired.sh > hisat2_mapping.log 2>&1 &
