1. 准备工作：
- 登陆TCGA数据库GDC界面：https://portal.gdc.cancer.gov/
TCGA GDC界面 -
首先确保Cart中没有之前的文件记录，如果有其他文件（即文件数不为0），清空Cart。
核对Cart已清空 -
如果Cart文件数不为0，则点击进入Cart界面进行清空。
清空Cart
2. 选择样本类型及性质：
- 点击Repository进入数据仓库，随后点击Cases样本类型及性质的选择：
点击Cases -
首先确定样本部位，以前列腺癌样本举例：
选择样本部位 -
选择样本来源项目，如果只分析TCGA的样本，则只选择TCGA：
选择项目来源 -
我们之前的一些选择，会不断缩小样本范围，所以我们发现Project选项下只有一个TCGA-PRAD，我们可不用点击，不选择表示该选项下的内容都要。
Disease Type这里根据分析需要进行选择，这里我为了统一病理类型，进行了选择。
Gender无特殊需要可不进行选择。
Vital Status一般我们需要进行生存分析的话，就选择alive和dead的患者，not reported的患者表示生存资料不全，可以进行剔除。
Age at Diagnosis以及Days to Death根据自己课题需要进行设定，一般情况下默认不设定筛选条件。
-
Race和Ethnicity一般情况下不设定筛选条件，并且这里的nor reported的样本过于多，我们不进行筛选了，以免丢失过多样本数。
3. 选择组学数据类型及格式：
- 点击Files选择数据类型及格式。
- Data Category这里用最常见的转录组数据举例，选择transcriptome profiling.
- Data Type选择Gene Expression Quantification，代表蛋白编码基因和长链非编码基因的测序数据。miRNA基因的测序数据不包含在其中，需要选择miRNA Expression Quantification而不是Gene Expression Quantification。
- Experimental Strategy只有一个选择，默认不选，Workflow Type根据自己需求，一般常用的是Counts数据或FPKM数据。
*一般选到这里就不再点击其他筛选条件了，而且一般其他选项也只剩一个选项了。 -
Access表明数据权限，我们普通用户只能使用open的数据，如果出现了非开放的数据，记得这里只点击open。
选择数据类型及格式
4. 下载选择好的数据：
-
将选择好的数据加入购物车，随后点击Cart进入购物车界面。
将选择好的数据加入购物车 - 在Cart界面分别点击Metadata(下载注释文件)以及Download（下载数据）。Download选项提供两种数据下载途径：Manifest表示下载Manifest文件后使用gdc-client软件下载数据（gdc-client下载数据方法），这种方法适合下载大文件；Cart表示通过浏览器直接下载，该方法更方便，但是不适合下载很大的文件。
- 至此TCGA数据下载已完成。
