一、Latex（相对复杂，更多用于写作科学论文，可以后考虑学习）
1.LaTeX是一类用于编辑和排版的软件，用于生成PDF文档。
2.LaTeX编辑和排版的核心思想在于，通过\section和\paragraph等语句，规定了每一句话在文章中所从属的层次，从而极大方便了对各个层次批量处理。
3.LaTeX在使用体验方面，最不易被Word替代的有四个方面：方便美观的数学公式编辑、不会乱动的退格对齐、非所见即所得因此可以在编辑的时候用退格和换行整理思路但生成PDF出来不影响美观、部分导师和刊物不接受Word排版的文章。
LaTeX和Word完全不是一个类型的排版工具，但是目的一样：排版。
LaTeX是仿照Scribe语言（见http://en.wikipedia.org/wiki/Scribe_%28markup_language%29）而进行设计的，而Word在最早的时候是字处理软件，实现的只有基本的一些排版功能，后来才越做越庞大的。
所谓优雅，唯技熟尔。实际上不熟练LaTeX排出来的数学公式也会很难看的，而熟悉Word的也可以把Word文档做的不输LaTeX生成的。我自己就伪造像LaTeX生成的Word文档，当然我最终生成pdf了，这是个值得炫耀的showcase。Word和LaTeX在大部分的功能上旗鼓相当，只有少部分差距较大。
4、视频: Latex tutorial (Video)- How to write algorithm in Latex
二、Scrivener
同学，我想你用错Scrivener了。这软件不是让你做最终排版用的，而是让你收集创作资料和创作灵感的。
1、入门教程视频
2、官网
三、Papers
Your personal library of research
Papers helps you collect and curate the research material that you're passionate about.
This award winning reference manager will improve the way you find, organize, read, cite and share.
看文献看出层次,看出格调——Mac科研神器【文献管理】Papers
Papers作为一款文献管理软件，主要就是要把文献管理的有序，并且让用户把整理的工作都交给它，自己只要关注文献的内容就好，所以本身提供了按照作者和期刊归类的显示方法，以及搜索，加上星标，我觉得非常完善了。而文献的PDF文件存在哪，用户也不用管了，Papers默认在文稿下面建立了一个文件夹，按照年份－作者的文件结构存储所有的PDF文件。对于PC用户来说，特别关心文件存在哪，存在系统文件夹中会不会丢。这个文件夹的位置可以修改，并且做好备份是不会丢的，甚至可以做到mobileme或者dropbox上同步到云端。之前我的文献散落在各个课程文件夹里，太凌乱了，而且几门课会用到同样的文献，我经常好上好几份。
做研究，最头疼的是管理文献。且不说写文章时录入参考文献那份麻烦（文献出处基本上属于无规律的文字内容，不像正文，属于自己的研究创建，可以按思路直接写），就是平时下载下来的电子文档，过一段时间总会不知所踪，往往还要重新上网寻找、下载，造成硬盘上大量重复文件而不自知。所幸现在情况好多了，有几个现成的文献管理工具，可以帮助解决这个问题。
对Mac用户，首选的工具是Papers或者它的升级版Papers2。这是一个收费的软件，由一个不大的软件公司Mekentosj（其实可能就是一两个人）开发，有一个月免费的试用期。这个软件最大的好处就是简单易用。初次使用时可以选择导入硬盘上所有的PDF文献，或者选择新建图书馆，以后再手动挑选希望导入的PDF文献。Papers导入PDF文献时有两种选择：一是将现有PDF文献移动到PDF图书馆中去并按Papers的规则改名，二是保持PDF现在的位置，Papers只负责管理文献列表的数据库。如果没有别的特别原因，建议使用第一个选择，这样，以后的PDF文献就不用用户操心存在哪里、文件名是什么了。导入的PDF文件往往没有足够准确的元数据，这对以后自动引用这些文献是不利的。Papers已经为用户考虑到这个问题了。在用户界面的右下角，有一个编辑及同步元数据的按钮，点击它可以自动在网上若干搜索引擎中搜索当前文章的元数据并进行同步。建议将所有导入的文献全部同步好，以后就不需要再做同样的事情了。新的文献怎么办？直接在Papers界面内搜索和下载。这样处理，元数据会直接导入，省去了以后同步的麻烦。需要引用某个文献的时候，Papers和Papers2建议的方法有些不同，不过，对TeX用户，还是可以做到同一处理方法的：在文件菜单中选择导出Bibtex数据库（注意选择导出一分完整的数据库文件，而不是只导出当前文献的Bibtex资料）。
1、官网
四、Endnote
1、百度百科介绍
优势
⑴EndNote 是SCI（Thomson Scientific 公司）的官方软件，支持国际期刊的参考文献格式有3776 种，写作模板几百种，涵盖各个领域的杂志。您可以方便地使用这些格式和模板，如果您准备写SCI 稿件，更有必要采用此软件。
⑵EndNote 能直接连接上千个数据库，并提供通用的检索方式，为您提高了科技文献的检索效率。
⑶EndNote 能管理的数据库没有上限，至少能管理数十万条参考文献。
⑷EndNote 快捷工具嵌入到Word 编辑器中，您可以很方便地边书写论文边插入参考文献，书写过程中您不用担心插入的参考文献会发生格式错误或连接错误。
⑸EndNote 的系统资源占用小，很少发生因EndNote 数据库过大发生计算机死机现象，这是EndNote 最重要的特色之一。
⑹国外数据库下载数据时，均支持EndNote ，即使检索的机器上没有安装EndNote 您照样方便使用。
⑺EndNote 有很强的功能扩展，如果默认安装的EndNote 不能满足您的要求，您能很方便地扩展其功能而不需要专业的编程知识。
⑻EndNote 的应用不仅仅局限于投稿论文的写作，对于研究生毕业论文的写作也会起到很好的助手作用。
⑼可以放心下载，但确保电脑没有病毒。
主要功能编辑
在线搜索文献：直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内
建立文献库和图片库：收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格
定制文稿：直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。
引文编排：可以自动帮助我们编辑参考文献的格式。
