二、吸收植物来不及吸收的养分
作物未来得及吸收的大部分肥料能被有益菌吸收消化，转化为有机态后，再供植物利用，以此减少化肥的流失，提高化肥利用率。
三、分泌植物生长素
许多用作微生物肥料的微生物还可以产生植物激素物质，能刺激和调节作物生长，增加结实率与籽实度，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
这样能减少一些生长素的投入，在保证了农作物产量的同时，还保证了农作物的品质。
四、抑制或杀灭有害菌
微生物代谢产物能够刺激作物生长，增强作物抗病能力，减少和预防根腐、很结、根肿、枯萎、黄叶、落叶、落花、落果等等现象发生，提高植株对病虫害的抗性。
五、诱导作物抵抗逆境
植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料，其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物抵抗不良环境的能力。
此外，微生物还能增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱抗寒抗涝能力。
六、防治地下害虫
含有淡紫紫孢菌的生物肥可以防治线虫；含有绿僵菌的生物肥可以防治蛴螬、金针虫、地老虎；含有白僵菌的生物肥可以杀死葱蛆、韭蛆等地蛆。
七、使有机质腐殖化
有机质需要在微生物的活动下腐殖化，才能不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
