写在前面
最近碰到点需求，了解一下其他植物的病害和抗性基因，于是检索了生物互作数据库，发现了Phibase和prgdb这两个网站，做个简单的介绍。
1. Phibase
website:http://www.phi-base.org/index.jsp
收录了经过实验验证或文献报道的能够感染植物、动物、真菌和昆虫的真菌、卵菌、细菌等病原菌的致病基因、毒力基因和效应蛋白基因。另外，还收录了抗真菌化合物及其靶基因。
image.png
这个数据库于2019年发表在NAR，最近的一次更新在2021年9月1日，内容上可以说是非常新了。
1.1 想查看该网站收录了哪些病原菌、宿主及病害名称。
分别对应左侧的Pathogen、Hosts、Dieases，可以直接下载excel表格到本地查看。
1.2 根据宿主名或基因名称或功能检索
search-(advanced search，精确搜索需要advanced search，否则不需要)，输入你想检索的信息就可。
比如我想搜索已报道的能侵染玉米的病害，我直接输入‘Zea mays’，然后拿到18页的信息。
image.png
第一列是已报道的致病基因名，第二列是表型，第三列是来源的病原菌，第四列是造成的病害部位，第五列是宿主。
把这部分信息download下来，用R语言的table()函数统计一下。
de <- read.table('maize-deasease.txt',sep = '\t',header = F)
dee <- de[,c(-1,-6)]
colnames(dee) <- c('geneid','function','pathogen','organ')
#统计病害并作图
library(ggplot2)
ta <- as.data.frame(table(dee$pathogen))
ggplot(ta,aes(Var1,Freq))+
geom_bar(stat="identity",fill="steelblue")+
geom_text(mapping = aes(label = ta$Freq), size = 6, colour = 'red', vjust = 0.5)+#给柱状图数值添加label
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.5, vjust = 0.5)) #调整横轴label为45度
image.png
可以看到，研究的最多的是玉米的瘤黑粉病，其次是玉米的小斑病。
1.3 下载网站所有的effector信息
downd按钮，有两种格式，CSV格式和FASTA格式任君挑选，不过下载之前要填写基本信息来注册，很快的。
1.4 对未知序列进行病菌基因寻找或同源基因寻找
PHI-Blast
不过只能做少数的数目，如果要搜索的数目太多，倒不如下载所有的基因组信息，本地做blast。
2. PRGDB
website:http://prgdb.crg.eu/wiki/Main_Page
image.png
这个用法就比较简单，你可以根据物种名，R基因类型名称搜索已报道的R基因。美中不足的是，这个网站自2014年就没再更新，因此信息可能有点陈旧。
参考链接
1.http://lib.mimazi.net/bioinf/112.html
2.https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NzQzOTgzMw==&mid=2650828558&idx=1&sn=56a798b6dedd5421ccc9673700e8d692&chksm=8b541638bc239f2e16998740dbaeee96568d9943c23310e0d94ec6aa012796c0cc9cf3e9e780&scene=21
