R脚本的编写与运行

一、R脚本的编写（操作环境：RStudio）

  • 脚本参数的引用
args <- commandArgs(TRUE)
args[1]
args[2]
args[3]
eg. data1 <- read.table(args[1],sep="\t")
  • R脚本的运行

1、安装Java SE jdk-11.0.2

https://www.techspot.com/downloads/5553-java-jdk.html

2、配置环境变量

> 打开：此电脑-属性-高级系统设置-环境变量-
> 新建系统变量：变量名（JAVA_HOME），变量值（C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2）
> 编辑Path系统变量：在路径最前面插入%JAVA_HOME%\bin;C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin；
> cmd 输入java命令：查看环境变量

3、运行脚本（命令行传递参数）（操作环境：cmd）

> D:   # 切换路径
> cd D:\工作文件\生信分析\绘图脚本\shili4
> Rscript.exe script.R args[1] args[2] args[3] ...  #执行命令
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