1. 目标物种pep数据库下载：（ensemble数据库中下载http://ftp.ensembl.org/pub/）

出现如下界面，点击最新版本的release-104

目前release-104是最新的版本

点击fasta，进入界面选择目标物种。ensemble数据库里面记载了许多常见物种。

物种界面

点击pep进行下载

下载pep数据库的时候，由于文件很大，下载速度很慢，所以可以用迅雷进行下载

2.数据库格式化：在pep数据库所在的文件夹下，不点击任何文件的情况下，空白位置点击shift加右键，进入PowerShell窗口，运行以下命令：makeblastdb.exe -in目标物种.pep.all.fa -parse_seqids -hash_index -dbtype prot

目标物种.pep.all.fa是我们设置的目标物种的pep蛋白文件名称。除此之外其他都按照上述命令复制即可。

dbtype后的prot表示数据库的类型，prot表示氨基酸序列的数据库，如果是核苷酸序列则用nucl

3. 建立查询序列文件。查询序列文件名称设置为：target.seq.txt，将序列ID和序列放入文件夹。

4. 本地blast：blastp.exe -task blastp -query target.txt -db 物种pep.fas -out out.txt -evalue 1e-10 -outfmt 6 -num_threads 2

物种pep.fas即为我们设置的物种蛋白文件的名称。

blast结果

A:Query_id   引物序列ID

B:Subject_id  目标物种序列ID

C:Identity  一致性

D:Align_length 比对长度

E:Miss_match   

F:Gap  

G:Query_start 

H:Query_end

I:Subject_start

J:Subject_end

K:E_value

L:Score