TCGA+biomarker——Sample基线表

在常规的临床类文章,或者在TCGA类的研究文章中,展示文章收集的样本信息很常见,主要就是让读者能直观清楚的了解此篇文章涉及到哪些样本,具体样本的表型信息。

案例展示

  • 例图1:下图展示了样本信息,行主要是样本的年龄、性别、分期、肿瘤大小等信息,列主要是数据集,其下设置关系表型属性(比如是否转移、是否死亡、某关键因子的表达分类等等),这里设置的"是否转移",整个表格即展示了整理样本的情况,也展示了样本的那边变量与转移之间的关系!
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  • 例图2: 下图列选择的就是KIF20A的表达值分类属性!整个表格即展示了整理样本的情况,也展示了样本的那边变量与KIF20A表达之间的关系!
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  • 例图3:下图列主要包括3个独立数据集,其下设置的是风险属性!
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  • 例图4:下图列设置的是“活着”、“携瘤死亡”和“无瘤死亡”这三分类属性!
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这类样本基线表,展示形式大多以上这几种,可以直接展示样本信息,不涉及统计学;也可以针对某个关键表型进行统计学计算!

如何制作这类表格?

这类表格只要有详细的临床信息,就可以自行用excel表格整理汇总,就是比较麻烦。后来查询各种教程,发现很多大神将这个过程编程化,让整个整理过程变得轻松,后期只需要简单修改即可,可参考:临床数据分析三板斧之R语言完成自动化三线表(自行检索)。

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