之前一直用wget 远程下载NCBI SRA的测序数据,但是不知怎么回事网速巨慢(<1kb);网上查了下用Aspear下载貌似还挺快,速度可达10M/S。
linux版下载地址:百度网盘https://pan.baidu.com/s/1jH9Kd1O
安装步骤:
1. 解压之后 sh aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh
2. 上述命令之后,home目录下会出现.aspera/ 的文件夹,执行文件就在里边
下载命令:
ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP***/SRP******/SRR*******/SRR*****.sra ./
-T 表示不加密下载;
-i 下载密钥,软件自带;
-l 设置最大传输速度;
--user=string 用户名,NCBI的为anonftp,EBI的为era-fasp;
--host=string ftp的host名,NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov;EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk;
--mode=string 选择模式,上传为 send,下载为 recv。
此外测序数据上传至NCBI也可用Aspera,见本人之前的博客NCBI-SRA数据上传流程。