一、问题
- 今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析，在安装DESeq2的时侯，遇到下面的报错：
Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包
library(DESeq2)
载入需要的程辑包：GenomicRanges
载入需要的程辑包：GenomeInfoDb
Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包
Error: 无法载入程辑包‘GenomeInfoDb’
In addition: Warning messages:
1: 程辑包‘DESeq2’是用R版本4.1.1 来建造的
2: 程辑包‘GenomicRanges’是用R版本4.1.2 来建造的
3: 程辑包‘GenomeInfoDb’是用R版本4.1.2 来建造的
image.png
我现在使用的是笔记本电脑，我的台式电脑安装就没有遇到问题，不知道为什么，于是开始搜索了一下教程，发现大家安装 DESeq2， dplyr 的时侯都会遇到不存在叫 RCurl 这个名字的程辑包的问题。
于是我就按照提示安装RCulr, 并且也尝试了安装GenomeInfoDb，GenomicRanges，但是又遇到新的报错如下:
installation of package RCurl had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘C:\Users\sxl\AppData\Local\Temp\RtmpcJzv5g\downloaded_packages’
Installation paths not writeable, unable to update packages
path: C:/Program Files/R/R-4.1.0/library
packages:
class, cluster, foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme,
nnet, rpart, spatial, survival
Warning message:
In install.packages(...) :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
通过搜索发现了最终的完美的解决办法，就是直接安装二进制 binary 版本的R包。
两行代码解决：
install.packages("XML",type="binary")
install.packages("RCurl",type="binary")
