朱棣占领南京后，“清宫三日”，也没能找到建文帝及其皇太子，顿时有种莫名的恐惧，同时又火冒三丈，尤其是方孝孺不仅拒绝为他起草登基诏书，反而大骂其篡权夺位，方孝孺曾质问朱棣：“既然你起兵靖难，是为了效仿周公辅助成王，如今成王不在了，为什么不立成王的弟弟呢？”方孝孺的这种逼问惹急了朱棣，在诛杀了其“十族”后，朱棣又把魔爪伸向了建文帝的弟弟。

据正史记载，建文帝是哥儿五个：长兄朱雄英八岁夭折；建文帝排行老二，因哥哥死的早，皇位就轮到他头上；老三朱允熥，建文帝的同父异母弟，被封为吴王，朱棣登基后将他降为广泽王，远放福建漳州，时隔四个月，又被召回南京，废为庶人，永乐十五年死于凤阳牢狱中；老四朱允熞，建文帝同母弟，封为衡王，朱棣当政后将他降为怀恩王，放到四川建昌，跟朱允熥一样，被召回后死于凤阳监狱；老五朱允凞，建文帝的同母弟，封为徐王，朱棣上台后，将他降为敷惠王，与母亲吕太后同住在东陵（朱标太子陵墓），永乐二年改为瓯宁王，永乐四年其住宅莫名失火，就此被活活烧死。《明史》

事实上，朱棣并不仅对建文帝弟弟们下毒手，他还对其儿子们进行毫无人道的摧残。据正史记载，建文帝又两个儿子，长子就是《明史》里说的“不知所终”的朱文奎；少子叫朱文圭，金川门之变时，他还是一个由别人抱在怀里的两岁娃娃。朱棣来到明皇宫时，不仅下令取消建文帝的尊号，将这个只有两岁的小皇子废为庶人，人称“建庶人”，而且还将他送到中都凤阳广安宫给关了起来，一个来到这个世上才两年、原本与任何人都无冤无仇的小孩从此与世隔绝了55年。

直到明英宗复辟重新登基后，或许是自己被蒙古俘虏的经历给了他一些体悟，明英宗十分同情凤阳“建庶人”本无罪却被囚禁的不幸遭遇，就想放了朱文圭，但朝中好多人认为不可，明英宗十分感慨地说：“有天命者，任自为之！”大学士李贤赶紧点赞说：“皇上此乃尧舜之心啊！”后来明英宗将这事向皇太后作了请示，在取得太后支持后，他就命令宦官前往凤阳，宣布结束朱文圭的软禁生涯，任由他在凤阳居住，婚娶出行都随便，并给予20名宦官供他使用，奴婢和美女共10人供他享受。朱文圭自幼与世隔绝，被放出来时他牛马不分，大概过了十来年，他就离开了这个几乎一辈子也不懂的世界。

这就是一个口口声声标榜自己是建文帝至亲的好叔叔，对建文帝亲生骨肉所干的“大好事”。

那么凤阳“建庶人”朱文圭有没有生育过后代呢？正史没说，但明史专家谈迁在《国榷》中说：“成化三年九月，南京守备司礼太监谭包言：‘建庶人、吴庶人，天顺初安置凤阳，其家帐幔靴俱敝尽，又十八岁给布縑棉絮，今死五人，日减给，女奴四人，俱无衣布，宜补给。’从之。”

这是在说，明成化年间，司礼太监谭包向明宪宗报告说，被安置在凤阳的建庶人和吴国庶人的后代的日子很难过，他们家的帐幔靴子之类基本的生活用品都已经破烂不堪，甚至已经死了五个人，请求皇帝给予一定的补给，皇帝准了。从这里可以看出，朱文圭是有后代的，跟朱允熥的后代一样在凤阳居住，并繁衍生息下来。

不过奇怪的是，建庶人不仅凤阳有，南京也有，谈迁在《国榷》中说，嘉靖中期，齐庶人、建庶人等后裔有近千人在南京。

谷应泰的《明史本末纪事》提供了一条线索：“建文帝左右唯数人，遂尽闭诸后妃宫内，纵火焚之，挈三子变服出走，仓皇复弃三子于宫门，被燕军执置师中，帝遂逊国去。”

就是说，金川门事变后，建文帝急忙带了他的三子换了衣服，打算父子一起逃走，但实在是太仓促了，忙乱之中建文帝居然将三子丢在了宫门口，这三子不久就被朱棣的燕军抓住了。那么建文帝的三子到底是谁？他最终命运又是如何？

明代南京籍史学家焦竑在他的著作中对建文帝的幼子留下了一段记载：“世传成祖入宫时，建文君有幼子，老妪教之牵成祖衣哭跪牵求食曰：孩儿饿矣，饿杀孩儿矣。成祖亦哭曰：汝生帝王家，有饿死理？命善抚之。不知此建文君第几子？抑即太子少子也？或曰牵衣哭者，成祖育诸宫中，未详。”

由此看来，建文帝或许并非如正史所说那样仅有两个儿子。但焦竑所说的建文幼子会不会就是谷应泰记载的建文帝第三子？

因谷应泰所讲建文帝是拉着第三子逃跑的，这说明这孩子已经能走路了。那么这个第三子最终哪去了？有人说被朱棣杀了，因为这个孩子已经被燕军抓住了。也有说这个孩子逃跑了，理由是：

A这孩子已经被换上便装，他又会自己走路了，燕军中到处是武夫，逮住一个孩子容易，看住一个孩子就难了。

B这孩子是在宫门口被抓，加上宫中大火，很容易趁乱一溜烟跑了，再说，抓更重要的“要犯”才是正事。

C从朱棣对待建文帝的兄弟和儿子的处置方式来看，相当歹毒，如果第三子被抓了，被囚禁了，正史应该有记载。

因此，可以推测，建文帝不止有二子，可能还有三子甚至四子，而这个跑出去的孩子，可能被忠义之士保护起来了，这大概就是南京建庶人的来源吧。