这些特权，首先受到科学革命带来的思辩精神的挑战。
对上帝的质疑，有一个很知名的段子：
宗教定义：上帝是全知、全能、全善的。
问题：既然上帝是全能的，那他能不能造出一块他举不起来的石头？
解读：如果【能】造出这块石头，那上帝就【不能】举起它，就意味着存在上帝【不能】做到的事情，那上帝就不是全能的；
如果【不存在上帝不能举起来】的石头，那么就说明上帝【不能】造出来这种石头，上帝依然不是全能的。
这类说法其实很有诡辩的感觉，但却用严密的逻辑动摇了宗教的【基本设定】，【设定】被动摇，基于设定推导出来的结论就不牢靠了。
认同人的智慧之上，有更大能力、大智慧的力量的存在（比如这个宇宙，我们现有的科学其实就知之甚少），本没有问题。
但对这类看法的论述不依照基本逻辑，盲目尊崇古代经典或教宗权威，就很容易被打脸了。
除了上面基于逻辑的例子，还有更多与可以基于事实去进行反驳的例子。
那时，在物理学与天文学领域就出现很多典型案例，比如伽利略观察到天体运动的数据及规律，与教宗基于圣经下的判断相矛盾。
这就是启蒙运动的动力之一，也是启蒙运动希望向世界撒播的思想之一：
将理性用于一切原本仰赖于信仰的事物，让理性以下，一切知识、观念没有层级之分，即使是“上帝”，也必须走下神坛，和所有观念、假说接受证据与逻辑的检验。
