大家做单细胞项目的时候,会涉及到多个组别,在分群之后想进行不同组别的差异基因分析,来查看不同处理对试验有什么影响。但生信小白只会流程化的分析,在对两组之间的单细胞进行差异分析时,经历了好多挫折,其实Seurat包中自带的Findmarker函数即可实现差异基因的分析。如下:
different_express_gene<- FindMarkers(seurat.obj,
group.by = "group",
logfc.threshold = 0.5,
test.use = "wilcox",
ident.1 = "test1",
ident.2 = "test2")
EnhancedVolcano (diff_gona,
lab=rownames(diff_gona),
x="avg_log2FC",
y="p_val_adj",
pCutoff=0.001,
FCcutoff=0.5,
pointSize=3.0,
title="6M VS 3M",
subtitle=NULL,
titleLabSize=15)+ theme(axis.text.x = element_text(color="black", size=12),
axis.text.y = element_text(color="black", size=12),
plot.title = element_text(hjust = 0.5))
以上就是简单的差异基因分析并进行火山图展示,大家可以利用得到的差异基因进行后续的富集分析。