这种关系可以用两句话概括：分别但不分离；互补而不对立。
分别但不分离
现代医学和自然疗法都是希望患者康复，这个出发点是一致的。
但是我们发现，自从现代医学成为所谓的主流医学以来（即现代医学教育所灌输的医学知识），全世界并没有治愈过一例慢性病患者（慢性病患者数量数以亿计）。
而我们用自然疗法，几乎调理好过每一种常见的慢性病，并且每种疾病都不止一例。
有图有真相
这就牵涉到现代医学治疗的两个方向：对因治疗和对症治疗
对因治疗（治本）：针对病因治疗，彻底解决问题。
对症治疗（治标）：用药改善症状，但不能消除病因。
如果某种解决问题的方案，只是把危机状态暂时缓解了，没有一劳永逸的解决，经常用“治标不治本”来表达，即“斩草不除根”，指的就是类似于医院这种“对症治疗”方案。
但是，我们必须明白的是，并不是对症治疗不重要！
由于慢性病也叫生活方法疾病，其病因是复杂的、多因素的，模糊的，而且是历史原因积累起来的。因此，这类疾病是没法采取对因治疗的，只能采取对症治疗措施。即凡是慢性病病（或者叫生活方式疾病），都不可能通过一大堆处方药解决。
慢性病是生活方式疾病，而自然疗法首先强调的是生活方式的革命，这本身对慢性病患者来讲，就是一种对因治疗措施。由于疾病的本质是“病因作用下的身体结构的破坏，进而导致生理功能的变化或丧失”，而自然疗法强调的营养素强化这个部分，在修复身体结构的环节起作用。因此，自然疗法既可以消除生活方式疾病（慢性病）的病因，又可以修复这种复杂的病因造成的身体结构的破坏，当然就可以极大改善慢性病患者的身体状况，甚至完全康复。（有关这部分的理论，建议听我“营养素药物与疾病关系”讲座录音，或者看我的《慢性病治疗现状 与对策》一书）
对慢性病患者来讲，现代医学药物治疗主要是对症治疗，而自然疗法主要是对因治疗，二者是有区别的，但都是为了患者的利益。
互补而不对立
既然这样，患者什么时候用药物治疗，什么时候用自然疗法调理呢？这个就牵涉到疾病的治疗原则：
急则治其标
缓则治其本
标本兼治
前面讲过，药物主要用于治标（对症治疗），在患者情况比较紧急的情况下使用。比如血糖高到20mmol/L，即使药物不能治愈糖尿病，也要用药物控制，以减少糖尿病的各种严重并发症。
但是，如果患者的病情没有那么紧急，就要想办法彻底治愈，就要采取对因治疗措施，而自然疗法对慢性病患者来讲，就是对因治疗方案。从逻辑上讲，慢性病病因（多因素的、复杂的、模糊的、历史原因积累起来的）也不可能用一大堆处方药解决（实际上，历史上也从来没有见过一例靠药物解决的）。
所以，什么时候以药物为主，什么时候以自然疗法为主，需要患者对自己的健康状况进行评估（动态的），根据疾病的治疗原则，采取灵活的治疗措施，不能一概而论。
因此，自然疗法和现代医学并不是互相替代，而是互补关系。
