Aspera Connect软件是IBM旗下的商业高速文件传输软件，与NCBI和EBI有协作合同，可以免费使用它下载高通量测序文件，体验高速丝滑的过程。速度可飙至300~500M/s。
1. Aspera Connect命令行工具ascp的安装
首先，进入Aspera Connect的下载页面，选择linux版本，复制下载地址，最新的版本是4.2.3。
wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.2.3.197_linux.tar.gz
tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.3.197_linux.tar.gz
bash ibm-aspera-connect_4.2.3.197_linux.sh
很遗憾我没有成功，编译时报错version 'GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/XXX/.aspera/connect/bin/asperaconnect-nmh)
查找了网上的相关信息，说gcc的动态库太旧了，可使用命令strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC查看GLIBC的版本 ，确实我的机器中只到'GLIBCXX_3.4.19版本。网上也有相应的解决方案，比如解决报错‘version 'GLIBCXX_3.4.20‘ not found’和/lib64/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.20' not found问题解决方法等，网友可以尝试。
因我的机器为公用机器，不能贸然修改GCC版本，故转为使用conda进行Aspera的安装。
>$ conda install -c hcc aspera-cli -y
安装的版本比自己下载源码安装的版本低，但无碍，先确定能用再说。
# 确认是否安装成功，有输出帮助文档则安装成功
$ ascp -h
# 查找密钥（使用时需要提供密钥）
$ which ascp #输出的内容可能不同，按照自己的安装路径来
/root/miniconda3/bin/ascp
# 将`bin`及`bin`后面的内容换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh
# 可以使用ls 验证一下是否存在
$ ls /root/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
/root/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 返回信息则说明存在。
至此，安装完成。
2. Aspera 使用手册
ascp是Aspera的命令。它的使用
ascp [参数] 目标文件 目标地址
常用的参数:
| 参数 | 说明 |
|---|---|
| -v | verbose mode 实时输出程序运行中间文件 |
| -T | 取消加密，否则有时候数据下载不了 |
| -i | 提供私钥文件地址，文件名为asperaweb_id_dsa.openssh，找不到用find查找一下 |
| -l | 设置最大传输速度，一般200M到500M，如果不设置，反而速度会比较低，可能有个较低的默认值 |
| -k | 断点续传，一般设置为值1 |
| -Q | Enable fair transfer policy，一般加上，但不知什么用 |
| -P | 提供SSH port，一般是33001 |
3.下载SRA和EBI的数据
先介绍下这两个数据集：
SRA数据库：Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。现在也有直接fastq格式的数据。
ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，功能同SRA，并且对数据做了注释，界面更友好，可直接下载fastq (.gz)文件。
之前Aspera是可以下载NCBI、EBI和DDBJ三大数据库的数据的。不过现在NCBI数据迁移到阿里云（AWS）和google云（GCP）了，原来的ftp链接失效了。DDBJ 好像用的不多，使用Aspera下载EBI最好用。
（1） NCBI SRA数据下载，不推荐使用Aspera
原来ncbi SRA在Aspera的用户名是anonftp, 路径为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/...，但目前已停服。
补充：目前NCBI还可以使用的链接：
sra:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRR13450889
更改SRR号即可(统计至2022.11.11)。或者使用云服务器上的链接。
（2） ENA 数据下载
数据存放地址：fasp.sra.ebi.ac.uk，ENA在Aspera的用户名为era-fasp。
以一个例子说明基本用法：
$ ascp -l 200M -P 33001 -QT -k 2 -i /root/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz
有个奇怪的现象，浏览器查看fasp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz链接是打不开的，但是可以使用上述命令可以下载数据。使用https://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz可以浏览器，wget，curl下载。
https://blog.csdn.net/weixin_43745169/article/details/93311701
