问题描述代表见如下链接,google一下不少人都遇到这个问题,就是明明存储足够但是报错说硬盘没有空间。
https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/5192/there-is-no-space-left-on-the-device
如上述某个答案提示,是因为默认的java tmp路径满了导致的。
因此具体到gatk4上,是添加参数 --java-options -Djava.io.tmpdir=xxx 就可以解决了。
注意多个样品的tmpdir最好不要同一个目录,否者容易报错文件已经存在导致异常退出。