《万历十五年》从万历年间的小事着笔，继而揭开了万历皇帝与首辅张居正、申时行以及与文官集团的矛盾，万历帝在九岁那年即位，万历这个年号一共用了48年，算是明朝在位时间最长的皇帝。但是实际上万历帝上朝理政不过十多年，后期已经完全不理政事。初登大典时励精图治，尊礼自纪。而后却终于消极避朝。这其中万历帝其实与他自己及与整个迂腐的文官集团做了抗争，然而最后放弃，也算是放弃了对自身自由及对明君的追求。
《明史》神宗的本纪结尾言：明之亡，实亡于神宗。当时明朝整个社会的矛盾已经揭露出来，儒家思想的根深蒂固，使文官们固守于旧制度的平衡，整个社会重文轻武，使得文官集团的势力超越了其本有功能。他们把皇帝当成是一个国家的象征，而不再是一个国家的掌权者。皇帝在多次反抗以后以他的聪明接触到了事物的真相而心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，而最终与这个朝代的发展越走越远。
而万历年间不得不提到的人则是首辅张居正，在张居正在世的几年，百事转苏，欣欣向荣，国家的库府而随之日见充实，这不能不归功于张居正。而当时的万历帝也对其言听是从，心存敬意。而1582年张居正死后，皇帝的态度却突然发生了改变。从土地丈量一案中皇帝突然意识到他觉得公正无私的老师原来也是有私利的，从而对其信任产生了怀疑。而后文官集团又几乎集体对张居正进行了参劾，对事实的夸大和扭曲使得皇帝心中对太师的最后一点温情被消耗殆尽，而忘记了张居正生前的贡献而尽数被否定。
张居正作为首辅大臣，却被文官集团所排斥，这也许与他当时所站的立场有很大关系。张居正想要改革，必须要改变组织结构。而这又与整个文官集团所相对。当时他们所奉行的原则，是严守成宪和社会习惯，遏制个人发展，以保持社会均衡，而同时张居正找不到理论上的支持，文人无法在政治上找到归宿，张居正也无法。他在文人与文官之间挣扎，却平衡不了两方。这也不能不说是他的遗憾。
而作者在书中也提到了李贽，其中有一段起讲述李贽认识到自己只是无数因果循环中中间的一个幻影，同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好坏，文极必开动乱之机。由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。这算是对明朝灭亡的一个间接的解释。历史永远是循环往复，在万历年间，商业贸易与农业，皇帝与文官集团等的矛盾已经尽现，它们不是一个张居正或者申时行就可以解决，个人的好坏永远无法改变历史的进程。明朝的灭亡是必然，它是时代所要发展而进行的必然选择。
摘录一下书的结尾。1587年，是为万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记实际上我们的大明帝国已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴乐耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
