一、GDC Data Transfer Tool下载
- GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序,在TCGA官网GDC部分可以找到:https://portal.gdc.cancer.gov
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根据自己的操作系统下载
二、运行GDC Data Transfer Tool(Windows操作系统)
- 将下载下来的压缩包进行解压缩,得到gdc-client.exe。将MANIFEST.txt文件和gdc-client.exe放在一个文件夹下。
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在该文件夹空白处,点击鼠标右键同时按键盘的shift键
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点击 在此处打开命令窗口,进入终端
- 输入gdc-client download -m MANIFEST.txt (注:-m 后加的是下载好的manifest文件,需要改成自己的文件名。还可以在后方加--latest,表示最新文件数据,下载临床数据的时候比较方便),按Enter键,开始下载。
gdc-client download -m MANIFEST.txt
#or
gdc-client download -m MANIFEST.txt --latest
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开始下载的界面:
- 有时候网络不好下载会中断,可以重新进入终端输入相同命令,该程序支持断点下载,会继续从下载中断的地方往后下载。