之前就遇到过这个问题,不是很理解,终于找到了这个比较明白的解释。
来源:(1条消息) TMB简介(肿瘤突变负荷 tumor mutation burden, 简称TMB)_高锦-生信的博客-CSDN博客_tmb单位
肿瘤突变负荷 tumor mutation burden, 简称TMB,代表蛋白编码区的非同义突变分布的密度,用蛋白编码区的非同义突变位点总数除以蛋白编码区的总长度, 单位为mutations/mb。
肿瘤的发生是体细胞突变引起的,体细胞在致癌因子的作用下发生基因突变,部分突变细胞经过DNA自我修饰恢复正常,一部分细胞死亡,还有部分突变细胞在其表面表达出新的抗原。正常情况下下,机体的免疫系统可以识别这些抗原,然后通过免疫应答反应来清楚这些突变的细胞,但是肿瘤细胞可以通过抗原的异常表达或者肿瘤微环境的调节,来实现免疫逃逸,继续分裂生长,形成肿瘤。 TMB的概念中只针对了蛋白编码区的非同义突变,因为只有这些突变才有可能使得肿瘤细胞产生新抗原。TMB越高,肿瘤细胞产生的新抗原的种类和数量越多,被免疫系统识别的概率越高, 免疫检查点抑制剂激活机体自身的抗肿瘤免疫应答反应后,杀伤这些肿瘤细胞的概率越大。将TMB划分为以下3个层级
low TMB : 1-5 mutations/mb
intermediate TMB : 6-19 mutations/mb
high TMB : > 20 mutations/mb
已经有大量文献报导发现TMB的水平与PD1/PD-L1抗体疗效有关,具有较高TMB的肿瘤细胞更易被免疫系统识别,免疫疗法对该患者有效的概率也更高。计算肿瘤患者的TMB分值,能够更好的指导临床治疗。
从TMB的定义可以看出,最直接有效的计算TMB的方法就是全外显子测序,然而考虑到实验周期和成本,也有根据靶向热点基因设计的各种panel,该方法成本低,周期快,然而得到的TMB分值没有WES准确。