如何让umap图的颜色更好看

YayamiaIP属地: 天津
字数 38

方法一:

sc.pl.umap(adata,color=['Cluster'],
          palette={
        "clusterA": "#d5695d",
        "clusterB": "#5d8ca8",
        "clusterC": "lightgrey",})

这样就可以任意修改为自己的颜色了

方法二:

from matplotlib import pyplot as plt, cm as mpl_cm
from cycler import cycler
sc.pl.umap(
    adata,
    color="cc_aa_alignment",
    groups=clonotypes_top_modularity,
    palette=cycler(color=mpl_cm.Dark2_r.colors),
)

如果想要调整指定的点的大小:

fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2, figsize=(12, 4), gridspec_kw={"wspace": 0.6})
sc.pl.umap(adata, color="cluster", ax=ax1, show=False)
sc.pl.umap(
    adata,
    color="clone_id",
    groups=top_differential_clonotypes,
    ax=ax2,
    # increase size of highlighted dots
    size=[
        80 if c in top_differential_clonotypes else 30 for c in adata.obs["clone_id"]
    ],
    palette=cycler(color=mpl_cm.Dark2_r.colors),
)
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Yayamia临床医学菜狗<br>仅作为笔记,不回私信和评论
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