如何用fasq-dump解压SRA文件

之前介绍了如何安装sratoolkit, 可以看我之前写的简书//www.greatytc.com/p/188df05615c7,而今天说到的fastq-dump是sratoolkit中的一个功能，fastq-dump可以帮助我们解压从NCBI中下载的SRA文件。

用法

正确安装sratoolkit后在输入fastq-dump -h就可以查看功能了

[zench@ibmnode1 ~]$ fastq-dump -h

Usage:
  fastq-dump [options] <path> [<path>...]
  fastq-dump [options] <accession>

实例

  • 单端测序 (SE)
fastq-dump SRR1234567.sra   #出现SRR1234567.fastq
fastq-dump --gzip SRR1234567.sra  #出现SRR1234567.fastq.gz,推荐使用，减少占内存
  • 双端测序 (PE)
fastq-dump --split-files SRR1234567.sra   #出现SRR1234567_1.fastq; SRR1234567_2.fastq
fastq-dump --split-files --gzip SRR1234567.sra  #出现SRR1234567_1.fastq.gz; SRR1234567_2.fastq.gz, 推荐使用

批量解压文件

for i in *sra; do fastq-dump --gzip --split-files $i; done
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