《穿条纹睡衣的男孩》是一部根据爱尔兰作家约翰·伯恩的同名小说改编而成，透过儿童的视角来描述关于二战时期，德国纳粹残害犹太人的电影。自始至终都在以孩子们之间的单纯，来影射成人世界的仇恨。压抑的同时，也使人不由自主地陷入沉思。爸爸拉尔夫信誓旦旦地声称，自己是在为给孩子们建造一个更美，更好的生活环境而战。然而极具讽刺的是，儿子最后竟阴差阳错地成了这场屠杀的牺牲品。
随着爸爸拉尔夫的军衔升迁，全家都必须跟着他从柏林搬到乡下去生活。姐姐貌似对即将迎来的崭新生活充满了憧憬，但八岁的布鲁诺却表示不想离开现在的家和自己的朋友。无奈之下，拉尔夫搬出自己军人的身份，以一个士兵必须无条件服从国家的安排为理由，间接地表明这不是一个可商量的决定，而是一个势在必行命令。
派对结束后，布鲁诺和姐姐隔天就跟着爸爸妈妈去了乡下。两人各自挑了自己的房间，喜欢探险的布鲁诺很快便发现，透过他房间的窗户，可以看见附近的一个'农场'，于是他跑去问妈妈艾莎，想知道自己能不能去和那里的孩子们一起玩。艾莎二话没说就答应了，直到家里一个在厨房里打杂的犹太人帕维尔经过，布鲁诺告诉她那里的孩子也跟他一样，整天穿着睡衣干活时，艾莎才意识到儿子所说的那个农场，其实就是自己丈夫负责监管的集中营。
布鲁诺不小心从秋千上摔下来，磕破了膝盖。帕维尔把他抱到厨房里，并且帮他处理了伤口。经过简短的对话后，布鲁诺得知帕维尔以前是个医生。由于不能理解他为什么会选择放弃一切，转而跑到他们家来削土豆皮，所以他断定一定是因为帕维尔当时练习得不够努力。
一次意外的探险之旅把布鲁诺引到了沙慕所在的集中营。两个同龄的小孩很快便成了好朋友。出于好奇，他问沙慕农场里的人前几天在烧什么，因为烟囱里散发出来的味道极其难闻。沙慕告诉他自己也不知道，不过他妈妈说只是一些破旧的烂衣服而已。布鲁诺邀请沙慕有空可以到他家吃晚饭，沙慕指了指隔在两人中间的电网，示意他自己不能出去，因为他是犹太人。
尽管通过爸爸请到家里来的历史老师，布鲁诺意识到他和沙慕是敌人的关系，但当他无意间发现沙慕在自己家里擦酒杯时，还是表现出极大的惊喜。他顺手递给他一些吃的，不料想竟被爸爸手下的科特勒中尉给逮了个正着。沙慕说自己没偷东西，吃的是布鲁诺给他的，还说俩人是朋友。但出于害怕，布鲁诺坚称他不认识沙慕，并且强调在他进来之前，沙慕就已经在吃东西了。
科特勒中尉的一句话，在不经意间透露了真相。由于无法接受丈夫的残忍，艾莎立刻跑去找他理论，两人的关系也因此变得非常紧张，以至于拉尔夫不得不做出让步，同意艾莎带着两个孩子，搬到他们在海德堡的罗蒂阿姨那里。布鲁诺很不开心，但又别无选择。临走前，他特意去找沙慕，想要跟他做最后的告别。沙慕告诉他自己的爸爸不见了，于是布鲁诺主动提出帮他一起找，算是对上次他在科特勒中尉面前撒谎的一种弥补。
换上沙慕拿给他的'条纹睡衣'，戴上帽子，布鲁诺从挖好的坑里钻进集中营里，随即开始着手帮沙慕找他爸爸。谁知竟被人要求脱光衣服，然后莫名其妙地被赶进一个奇怪的房间。突然间灯灭了，毒气很快便遏制了人群的骚动。只留下拉尔夫和艾莎他们一家，在雨中歇斯底里地哭嚎。
