培根认为感官是获得知识的必经途径，但笛卡尔不同意这一点。笛卡尔认为知识只能来自于人的理性，所以他是一个唯理主义者。笛卡尔之所以会有这种想法，是由于他比培根更重视感官的局限性——他完全不能相信常常“欺骗我们”的感官。

其实在一开始，笛卡尔不仅不相信感官，还不相信任何其他东西。他自称“绝不把任何我没有明确的认识为真的东西当做真的加以接受。”笛卡尔就是这样从怀疑开始出发的。

在他思考清醒时的感觉和做梦时的感觉时，他说道：“当我仔细思索这个问题时，我发现我清醒时的状态与做梦时的状态并不一定有所分别。”那么，“你怎么能确定你的生命不是一场梦呢？”

这是欧洲版的“庄周梦蝶”。跟中国的庄子一样，笛卡尔之前的许多西方哲学家走到这一步就走不下去了，但是笛卡尔却设法取得了突破。

他发现，在他怀疑的时候，他可以假设包括自己的身体在内的所有的一切都不存在，但却不能假设“我在怀疑”也不存在。这就是说，唯一真实的就是“我在怀疑”本身，而怀疑当然是一种思考；既然他在思考是真实的，那么他作为思考者也就必然存在。用他自己的话来说，就是“我思故我在”。

培根曾说过：“一个人如果从肯定开始，就会走向怀疑；如果他甘愿从怀疑出发，就会以肯定为归宿。”现在果然应验了。不过笛卡尔并没有肯定太多，他所肯定的仅仅是思考本身而已。

他说：“我是一个实体（Entity），这个实体的全部本质或本性只是思想，它并不需要任何地点以便存在，也不依赖任何物质性的东西；因此这个‘我’，亦即我赖以成为我的那个心灵，是与身体完全不同的，甚至比身体更容易认识，纵然身体并不存在，心灵也仍然不失其为心灵。”

笛卡尔的这段话充满了唯心主义的论调。它再清楚不过的表明，他将彻底背弃培根和经验主义。

实际情况正是如此。为了给他那个“纵然身体并不存在，心灵也仍然不失其为心灵”的心灵找到依据，即使是他那数学家的头脑也只能乞灵于“完满实体”上帝的独立存在。

但是他这样做给自己找了一个麻烦，那就是：既然心灵的依据是上帝，那么上帝就得为祂赋予心灵的“天赋观念”负责。也就是说，不管笛卡尔乐不乐意，他都必须证明“天赋观念”指导心灵所认识到的物质世界是真实存在，否则就不能说心灵的认识能力来自上帝。

笛卡尔做到了这一点。在他找到的思想或“心灵”、上帝、“广延”（Extension）或物质这三个“实体”中，只有上帝是“完满实体”，另外两个则是上帝的造物，是不完满的，也是不能相互影响相互作用的。

我们很难说，他割裂思想和广延的联系是不是为了让科学研究不受形而上学的干扰。可以这样设想：既然思想跟广延都是上帝的造物，那么就应该以同样的重视进行研究；同时，既然思想跟广延完全不同并且互不影响，那么也就理当采取截然不同的研究方法，因此应该像重视形而上学研究那样重视科学研究，而且应该采取跟研究形而上学的方法完全不同的方法来研究科学。

我们不知道这是不是笛卡尔的本意，但我们可以说，他的这种二元论一方面固然维护了上帝的地位，另一方面也确实为自然科学的发展留足了空间；而自然科学从来都是上帝的死敌。

这也许只是笛卡尔无意中所起到的作用，并非他的“弱点”。笛卡尔的弱点体现在另外两个方面，一是他虽然证明了思想的存在，但他并没有像怀疑感官的可靠性那样，对思想的可靠性进行怀疑，在这一点上他显然不如培根明智；另一个是，上帝这个“完满实体”的存在需要依靠思想这个“不完满”实体来证明，这在逻辑上未免有些本末倒置。

笛卡尔给了人们很大的激励，他再次唤起了世间唯理主义的热情，不过人们在对唯理主义津津乐道的同时，并没有忘记他的弱点。比较而言，笛卡尔的后一个弱点受到的关注更多，大多数人都把精力倾注在这一点上，但斯宾诺莎与众不同，他可能给予了它们同等的重视，因为他巧妙地同时克服了它们。