找到一篇进化树科普文章，Phylogeny for the faint of heart:a tutorial 作者Sandra L. Baldauf 英语贼烂看得慢，挑了下重点翻译了一下，还有些术语不知道中文，有些地方可能有错（自学刚入门〒▽〒）。原文内容包括如何解读树、整合数据、多序列比对、树构建方法、bootstrap analysis、长分支工件、一些软件资源；原文链接见文末。
系统发育学是一门基于DNA或蛋白质序列的比较来估计进化历史的科学，建于分子系统学理论基础之上。
系统发育树又名分子进化树。
一些术语
进化树可由multigene families(多基因家族?)或者来自多个分类群的单基因绘成，又或者两者的结合。前者的内部节点（nodes）对应于一次次基因的复制，后者对应于物种的形成。
Groups
一个节点及其产生的一切都是一个“支系（monophyletic group）”或“单系群”。单系类群是一个自然类群；所有成员都来自唯一的共同祖先(相对于树的其余部分)，并从该祖先那里继承了一组独特的共同特征。
一个不包括一些后代的群体是一个“副系（paraphyletic group）”(例如动物不包括人类)。
许多远亲OTU（OTU??见文末）的“大杂烩”，可能外表相似或保留了相似的原始特征，构成一个“多系（polyphyletic group）”。
Trees
节点的宽度没有任何意义，只是为了调整宽度使各分支间距均匀。所有分支也可绕着节点自由旋转，因此一棵树可以呈现出各种形状。
分支的长度对应于两个节点之间的进化量(大致为序列差异的百分比)。因此，分支越长，两个节点上的序列就分歧越大(高度进化)。也有进化树为“分支图（cladograms）”形式，仅显示分枝，分支长度无意义(图3g)，但不常见。
Roots
系统发育树的底部是它的“根”。最古老的点，共同的祖先。如何确定一个根？用outgroup（外类群），一个外部参照点。
Homology
同源序列：来源于共同祖先的相似的序列。同源只是对基因序列的定性。同源序列类型可分为直系同源（Orthologs ）和旁系同源（Paralogs）。
直系同源：描述在不同物种中来自于共同祖先的基因。Orthologous基因可能有相同的功能，也可能没有；它们是严格垂直传播的(父母传给后代)，因此它们的系统发育可以追溯到它们的宿主谱系。
旁系同源：描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因。是多基因家族的成员，通过基因复制而产生。我个人理解，旁系同源应该就是高中生物所说的同源基因，比如红眼果蝇和白眼果蝇吧？(･ω･)。
一般建树流程
原文基本方法、原理都有讲；B站上东大生信课也有详细补充（见文末）
1.数据收集：可以从网站上找。原文有基因库网站、搜索引擎等的列举。
2.多序列比对：问题的核心。
3.建树。系统进化分析的时候常常是基于某个基因的序列进行分析，通过碱基的变化和差异计算相互之间的进化关系。既然涉及到计算，自然就各种各样的算法：（1）基于距离的方法（neighbor-joining就是一种常用的算法，简称NJ，用它计算出来的系统发育树就叫NJ树）（2）最大简约法（MP）（3）最大似然法（ML）（4）贝叶斯 从1-4，计算速度下降，精读提高。
可以想象成对花园中的花进行进化分类。你可以从计算花瓣、萼片和雄蕊等的数量开始——这就是你的数据集。如果你使用距离的方法，你可以简单地根据它们共有的特征数量来对你的花进行排序；一系列共有特征最相似的花被认为是关系最密切的。
4.测试：系统发育准确性最简单的测试是自举（bootstrap），它是系统发育准确性的一般衡量标准，70%或更高的值可能表示可靠的分组。此外还有个“Long-branch attraction”问题...
5.数据呈现。树美化推荐网站iTOL，对新手很友好（比如我），不会编程都能上手。
参考：
1.B站的东大生信课：https://www.bilibili.com/video/av59701475
2.有关同源序列：Orthology, paralogy and proposed classification for paralog subtypes
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168952502027932 PloBhttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168952502027932
3.Phylogeny for the faint of heart:a tutorial
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168952503001124
