深度与长度的概念理解,以及为什么要用TPM之类的
测序深度(Sequencing Depth)
相当于测了几遍;
指测序得到的总碱基数(bp)与所测物种基因组大小的比值,其是评价测序量的重要指标之一;
测序产生了1000条读段(read),每条读段的长度为50bp,所测物种的基因组大小为10000bp,那么测序深度为1000*50/10000=5X。
一般来说,测序深度越深越好,当然还需考虑一个成本的问题。
全基因组测序,一般测序深度为30X以上对检测基因组变异的可靠性会有很大帮助。
测序产生的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。
作者:小贝学生信
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来源:简书
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测序读段匹配到参考基因组后能够覆盖9000bp的参考基因组,那么测序覆盖度就为9000/10000=90%
统计比对到基因上的reads即为的counts即为测序原始表达矩阵,每个read有多少个B