深度与长度的概念理解，以及为什么要用TPM之类的

测序深度(Sequencing Depth)

相当于测了几遍；

指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标之一；

测序产生了1000条读段（read），每条读段的长度为50bp，所测物种的基因组大小为10000bp，那么测序深度为1000*50/10000=5X。

一般来说，测序深度越深越好，当然还需考虑一个成本的问题。

全基因组测序，一般测序深度为30X以上对检测基因组变异的可靠性会有很大帮助。

测序产生的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。

作者：小贝学生信

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来源：简书

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测序读段匹配到参考基因组后能够覆盖9000bp的参考基因组，那么测序覆盖度就为9000/10000=90%

统计比对到基因上的reads即为的counts即为测序原始表达矩阵，每个read有多少个B