1 反应体系:
2*Phanta max master mix:25ul
R:2ul(10uM)
F:2ul(10uM)
cDNA:21ul(稀释过的)
2 反应条件:
95℃ 3min
95℃ 15s
60℃ 15s
72℃ 1000bp/min
(2-4步30个循坏,不能多。)
72℃ 10min
4℃ (持续)
3 琼脂糖1%+1%EB
样品中加10x lodding buffer
样品在负极,120V 40min 电泳
紫外灯,切胶 回收DNA。
4胶回收后
按照‘gel kit’试剂盒提取纯化DNA,40ul dd水 60℃预热溶解DNA。
5 酶切
DNA(提取纯化的):40ul;
5 μL 10x cut smart buffer
1 μL Cla1
1 μL kpn1
ddH2O补至50 μL
5 μg pLKO.1
5 μL 10x cut smart buffer
1 μL Cla1
1 μL Kpn1
ddH2O补至50 μL
37度酶切过夜
6 通过琼脂糖电泳获得线性化质粒,同时进行纯化回收。
DNA需要使用纯化试剂盒直接纯化,质粒需要电泳跑胶纯化(胶中的质粒必须在曝光仪器上观看,紫外容易导致突变)
质粒酶切的时候会出现单链断裂等情况,所以我们需要跑胶,进行胶回收,纯化。质粒需要用50ul水溶解,DNA片段需要使用20ul的水溶解。
7连接
将退火产物与线性化质粒进行T4连接酶连接,连接过夜。
15ul 目标DNA片段(如果使用20ul,则14ul就可以)
2ul 线性化质粒(如果使用50ul,3ul质粒)
2μL 10x NEB T4 DNA ligase buffer
1μL NEB T4 DNA连接酶
(16度 连接过夜)
8转化
[ 基本原理 ]
将质粒 DNA 导入细菌的过程称为转化( Transformation )。此感受态细菌细胞在 CaCl 2 低渗溶液中膨胀为球状(感受态细菌的制备,见前)。质粒 DNA 与 CaCl 2 形成抗 DNase 羟基 - 磷酸钙复合物黏附于细菌表面,经 42℃ 短时间热冲击处理,促进细胞吸收 DNA 复合物。在丰富培养基上生长数小时后,球状细胞复原并分裂增殖。被转化的细菌中,外源基因得到表达。在选择性培养平板上,可选出所需的转化子(即含有质粒 DNA 的细菌)。钙处理的感受态细胞,一般每微克 DNA 能获得 10 5 ~ 10 6 个转化子。除化学方法转化细菌外,还有电穿孔法( Electroporation ),其转化率可高达 10 9 ~ 10 10 个转化子 /μg 质粒 DNA 。
[ 器材 ]
1 .培养皿 2 .恒温培养箱
[ 试剂 ]
1 . LB 培养基
2 .选择性 LB 琼脂培养平板(含氨苄青霉素,终浓度为 50μg/ml )
3 .氨苄青霉素 100 mg/ml
4 .宿主细菌:经 100 mmol/L CaCl 2 处理的感受态细菌 DH5α
[ 操作步骤 ]
• 取 50 μL 大肠杆菌感受态细胞,加入适量质粒(全部的连接产物 )冰浴 30 min 后, 42℃ 热激 70 s ,马上放回冰上,冰浴 5 min ;加 1ml LB 培养基(无Amp),于 37℃ 摇床慢摇振荡培养 60 min ;3000rpm 4min离心,倒掉上清,下面的沉淀物混匀涂板。取 50-100 μL 涂在含有氨苄青霉素( 100 μg/mL )的 LB 固体培养基上, 37℃ 倒置培养过夜。(如果涂上去的液体过多,则正置1h后倒置。
9 挑克隆
每个样品挑5个克隆 、ep管中加10uldd水 挑入克隆捶打混匀。取出八连管:
mix :10ul
Flag-R:1ul ;
GFP-F:1ul ;
克隆混合液:3ul ;
程序
pcr:95 3min
95 15s
56 15s
72 90s
72 10min
4 持续
2-4 30个循环
完成后看切的条带大小,一般跑胶,在皮曝光机器下看,与自己目的蛋白一样大小的kb带出现则提示连接成功。注意marker的选择。
然后将剩余7ul的克隆混合液加入amp的lb培养基800ul的样子 在摇床中摇 。
跑完胶后发现正确的条带后,将摇床上正确条带的菌群,转移到15ml的摇菌管,摇菌过夜。
10 抽取质粒DNA,送去测序,获得正确组装质粒。
测序引物
先测反向:
pFlag-CMV-R: GCACTGGAGTGGCAACTT(自己合成)
再测正向:
CMV-Forward
21mer 5'-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3(公司有免费通用)