记录第一次参加线下文献分享体会

写在前面:
看经济学原理基础入门书的时候看到这段话,以前一直不理解为什么要记笔记,今天终于明白了。

研究表明,学习的最好⽅式之⼀,就是把它写下来。叙述性学习理论的两位倡议者,沃尔特·多尔(Walter Doyle)和凯西·卡特(Kathy Carter)曾指出,“究其核⼼,叙述性学习观点认为,⼈类有⼀种‘故事化’个⼈经历的共同倾向,也就是说,以叙述的⽅式阐释信息和经历。”另⼀叙述性学习理论家,⼼理学家杰罗姆·布鲁诺(Jerome Bruner)发现,“⼉童会把事情编成故事,当他们尝试理解⽣活,会利⽤故事化的视⾓看待个⼈经历,以此作为进⼀步思考的基础……如果他们不能以⼀种叙述 性结构理解事情,就记不牢靠,以后也不能随时拿出来细细琢磨。”

⼀句话,吸收叙述性信息,似乎是⼈类⼤脑的专长。

为什么兴趣是最好的老师?

第⼀,要找到⼀个有趣的问题,人们⼀般必须先考虑若⼲备选问题,这本⾝就是⼀项有⽤的锻炼;第⼆,提出有趣问题的人会对这个事情产⽣更浓厚的兴趣,并投⼊更多精⼒;第三,提出有趣问题的人更乐意对他⼈讲述。如果你不能把概念拿出来应⽤它,就不算真正理解了它。可⼀旦你能⾃⼰⽤它,它就永远属于你了。

为什么会加入这个线下文献分享学习小组,最大的原因就是兴趣,对表观遗传学非常感兴趣,但是不是主要的研究领域,了解的不多。相关的内容学习起来也感觉不太容易,广州的赛诚生物举办的这个线下学习小组给我们提供了一个非常好的平台。今天由于疫情的原因,到场的人比较少,但是丝毫没有冷场,负责讲文献的项目经理刘欣充分准备了一篇 Cell Stem Cell的文章,详细介绍了背景和这篇文献的主要内容及亮点,在分享的过程中我们针对感兴趣的地方进行了讨论,虽然都是第一次见面,大家都带着口罩,但是却像老朋友一般一起分享这篇文献,我是第一次觉得读文献居然这么有意思,真是太不可思议了。

首先要致敬刘欣老师,虽然她很年轻,但是真的当得上喊她老师。这篇文章主要讲了以胚胎干细胞向神经细胞分化过程中的表观调控的因子的鉴定,主要是鉴定了时空特异性调控的一些增强子原件。刘欣老师一直致力于增强子的研究,讲的深入浅出,让我对增强子有了更深的认识。
这篇文章的工作量超大,综合了RNA-seq,Chip-seq,和ATAC-seq的数据,以及一种比较新的鉴定增强子的测序技术lentMPRA。综合几个组学的结果,可想而知要讲好这篇文献,背景知识要非常全面才行。
而且,这篇文章除了生信分析做的很漂亮,也做了很多实验验证,比如对筛选出来的转录因子进行过表达和敲低功能检测,用了CRISPRa和CRISPRa(基因组水平过表达和敲低的新技术),所有方方面面都进行了细致的降解。让我学习了不少新东西,也给我自己的课题方向及研究方法提供了新的思路。

文章的Figure1 综合RNA-seq, ChIP-seq, and ATAC-seq数据按照时空聚类再做相关分析,描述了增强子对神经发育的重要调控,其中E图的相关性分析是全文亮点之一,从三个组学的数据聚类分成第4个clusters的基因与这个发育非常相关,这种相关体现在时间和空间上的二维调控上,首先增强子区域染色质开放然后出现H3K27ac修饰增强,最后引起RNA转录上调。整个逻辑非常的自洽,让生信的分析和事实的原理如此的契合,这个图真的是集艺术性和技术性为一体的典范,是我等学习的样板。

当然我还没有通读全文,今天就写一下感悟,后面再仔细研读。赛诚生物的发起人会整理相关的资料下周在他们的公众号上推送,到时候再去围观学习一番。

下面附上这篇文献的头图:


image.png

对表观调控特别是增强子的相关内容感兴趣的可以进一步阅读原文。

Highlights

RNA-seq, ChIP-seq, and ATAC-seq reveal regulatory dynamics during neural induction

lentiMPRA functionally characterized >1,500 temporal enhancers

Combined genomic analyses ranked and identified key neural induction factors

Overexpression or CRISPRi of 5 different factors affected neural differentiation

全文链接:https://doi.org/10.1016/j.stem.2019.09.010
文章数据:GSE115046

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