GPL页面表格奇奇怪怪的更新

0.因数据库和R包更新导致的问题

从GPL页面上下载注释表格,是获取探针注释的方法之一,通常是找不到注释包的第二选择。

更新之前的下载方式是(2022年之前我们的直播课堂上是这样讲的,2022年以及之后的课上已经更新好了):

library(GEOquery)
a = getGEO("GPL570",destdir = ".")
b = a@dataTable@table
ids2 = b[,c("ID","Gene Symbol")]

更新之前:运行getGEO这句代码,函数会自动读取“GPL570.soft”文件,得到一个GPL对象。

更新之后: GPL570.soft文件从原来的75M变成了现在的几十G,而且所有的平台soft都被压缩成了gz格式。压缩一下倒是不影响下载,但导致了工作目录下确实有GPL570.soft文件的情况下,函数也不识别,而是从网页上去下载GPL570.soft.gz,几十G,实在是duck不必。

1.小的文件,方法不变

当然,GPL570表格文件是本来就大(表格的大小在网页上有写),对于比较小的表格文件可以继续使用原来的方法:

library(GEOquery)
a2 = getGEO("GPL7759",destdir = ".")
class(a2)

## [1] "GPL"
## attr(,"package")
## [1] "GEOquery"

2.针对大文件的新方法

针对这种比较大的注释文件,需要更改一下策略:

从GPL570的网页上拉到最后,有一个文件:

从网页上把它下载下来,放在工作目录,本地读取。

b = read.table("GPL570-55999.txt",header = T,
                 quote = "\"",sep = "\t",check.names = F)
ids2 = b[,c("ID","Gene Symbol")]
colnames(ids2) = c("probe_id","symbol")
head(ids2)

##    probe_id           symbol
## 1 1007_s_at DDR1 /// MIR4640
## 2   1053_at             RFC2
## 3    117_at            HSPA6
## 4    121_at             PAX8
## 5 1255_g_at           GUCA1A
## 6   1294_at MIR5193 /// UBA7

3.备用方法

只要不是特别大的文件,可以先试试getgeo下载,如果网络不好导致失败,就从网页下载soft格式的文件。

点开上面箭头所指的地方,就能网页下载soft文件了,文件大小还可以接受,不至于有几个G的。

b2 = getGEO(filename = "GPL7759_family.soft.gz",destdir = ".")
class(b2)

## [1] "GPL"
## attr(,"package")
## [1] "GEOquery"
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 211,639评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,277评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 157,221评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,474评论 1 283
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,570评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,816评论 1 290
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,957评论 3 408
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,718评论 0 266
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,176评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,511评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,646评论 1 340
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,322评论 4 330
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,934评论 3 313
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,755评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,987评论 1 266
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,358评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,514评论 2 348

推荐阅读更多精彩内容