加工贸易保税货物的库存盘点，主要是检查实际库存与账上库存数据的一致性，也是检查企业对加工贸易保税货物的内控管理情况。保税货物实物存放要与非保税货物做好物理隔离，并做到科学划分，合理存放。实物盘点要做到观察、核对、清点，保税属性确认，料号及规格型号核对，数量确认及实际开箱核实。
一、盘点的基本要求
1、各部门先对所有保税货物库存进行100%初盘和复盘。企业管理部门可以根据盘点计划进行抽盘，抽盘比例一般不低于保税库存金额的50%。企业根据要求委托会计师事务所对保税货物库存进行抽盘。
2、会计师事务所根据属地海关的要求及审计重要性原则的要求进行抽盘，抽盘比例根据属地海关及企业商品种类的特点，在保税库存金额的30%-70%左右。需要覆盖到所有保税货物库存类别，包括保税原材料、半成品、成品、残次品、边角料等，覆盖到所有保税仓库。
3、海关根据重要性原则对企业保税货物库存进行抽盘，抽盘比例一般不低于保税库存金额的25%。
二、盘点的实施方法
1、盘点区域确认，盘点人员到达盘点区域后，确认是否为被盘点货物的存放区域，比如保税原材料仓库、保税成品仓库、生产现场保税线边仓库、保税货物外租仓库、保税货物外发加工承揽企业仓库等。
2、保税货物确认，加工贸易手册/账册核销前盘点，是对加工贸易手册/账册项下的保税货物进行盘点，可以根据保税库位、货架、商品料号等确认。保税货物存放区域（仓库、货架等），应有明显的“保税”标识。
3、商品料号核对，货物实物的商品料号应与企业盘点清册上的商品料号完全一致。
4、规格型号核对。
5、库存总数核对，被抽查料号确认为保税货物，并核对料号一致后，确认抽盘料号的总数，比如被抽查料号库存数量为9867个，分为10个托盘，每个托盘有10箱，每箱有100个，所以整托有9托（每托10箱、每箱100个），整箱有98箱，有一个尾数箱有67个。需要核对每箱的料号及数量，并计算实物合计总数量与盘点清册抽查料号的总数量是否一致。
6、库存商品抽查，如上述库存数量结构，对总数核对无误后，进行抽箱开箱检查，首先的尾数箱货物核对，数量清点；然后是整箱货物核对，数量清单。开箱比例，可以根据属地海关的要求、货物的实际情况、货物的特点、抽盘的情况等来确定。一般尾数箱必开，尾数箱的数量出现差错的概率会比整箱出现数量差错的概率要高。异常情况越多，开箱检查比例应越高，直到将货物清点出完整的准确数量为止。
