西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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第1章 准备工作第2章 Python语法基础，IPython和Jupyter Notebooks第3章 Python的数据结构、函数和文件第4章 NumPy基础：数组和矢量计...
第1章 准备工作第2章 Python语法基础，IPython和Jupyter第3章 Python的数据结构、函数和文件第4章 NumPy基础：数组和矢量计算第5章 panda...
《利用Python进行数据分析·第3版》新版上市[https://u.jd.com/W8xSkzl]，新版使用的是Pandas 1.4，更新了不少内容。为了帮助大家学习，这次...
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
找到原因了，物种的蛋白文件和对应的cds文件中，每条序列的名字不统一，统一后就可以了
如何计算kaks值和4dtv值前期准备 不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
博主，你好！
前面步骤都没有问题，直到ParaAT.pl -h A3A2V.vinifera.homolog -n A3A_V.vinifera.cds -a A3A_V.vinifera.pep -m clustalw2 -p proc -f axt -o A3A_V.vinifera_out这一步，在A3A_V.vinifera_out文件夹下没有生成结果；运行这个脚本的过程如下：
ParaAT.pl -h A3A2V.vinifera.homolog -n A3A_V.vinifera.cds -a A3A_V.vinifera.pep -m clustalw2 -p proc -f axt -o A3A_V.vinifera_out
****************************************************************
Program: /home/daixuelei/software/ParaAT2.0/ParaAT.pl [Version: 2.0; Oct. 4, 2014]
Function: Parallel Alignment & Translation
Reference: Zhang Z., et al. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419, 779-781.
****************************************************************
Checking input parameters: [OK]
Checking Epal2nal.pl: [OK]
Checking multiple sequence aligner: clustalw2[OK]
Checking output format: [OK]
Checking output folder: [OK]
Outputing input parameters:
Homologous groups = A3A2V.vinifera.homolog
Amino acids sequences = A3A_V.vinifera.pep
Nucleotide sequences = A3A_V.vinifera.cds
Process file = proc
Output folder = A3A_V.vinifera_out
Multiple sequence aligner = clustalw2
Output format = axt
Genetic code = 1-The Standard Code
KaKs_Calculator used = FALSE
Remove gap = FALSE
Remove mismatched codons = FALSE
Verbose output = FALSE
Reading homologous groups from A3A2V.vinifera.homolog: 20563 groups
Reading nucleotide sequences from A3A_V.vinifera.cds: 64305 nucleotide sequences
Reading amino acid sequences from A3A_V.vinifera.pep: 64305 amino acid sequences
Generating homologous group files for alignments: 0 from 20563 groups
Aligning amino acid sequences for 0 homologous groups:
Translating amino acid alignments into codon alignments:
Cleaning temporary files:
Mission Accomplished (Time used: 1s).
一直没找到问题所在
如何计算kaks值和4dtv值前期准备 不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
前期准备 不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...
