发简信
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这个软件的github主页 https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 我是...
记录用过的一些生信软件吧 FastX格式处理系列 截取数据量软件seqtk sample 举例：seqtk sample -s100 test.fq.gz 5242880 |...
电脑型号 X64 兼容 台式电脑 操作系统 Windows 10 Enterprise 64位 ( DirectX 12 ) 处理器 英特尔 Xeon(至强) Platinu...
Step four： 对从公司送回来的原始数据raw data预处理，至于问什么要进行这一步，通俗点讲就像是炒菜，直接从地里拔出来的青菜是不能直接用的，而正规的程序，至少...
之前一直用fastqc + trimmomatic 数据质控，基于fastp快速方便等特点，研究转为fastp做质控。 trimmomatic：我们使用的参数（以MALBA...
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featureCounts(count计数), DESeq2(差异分析)...
在生信分析学习的初期，我们只需要跑通数据分析的整个流程即可，对于数据的质控和相应的参数没有深入探讨，但随着深入的学习，一些细节问题必须要注意（可能对结果造成非常大影响）。比如...
目前hisat2是最流行的转录组比对软件，其比对速度快，且准确度较高。具体使用方法如下：用到的软件版本为hisat2-2.2.1，samtools-1.6 1. 构建hisa...
