作者，Evil Genius 今天我们参考的文章来自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
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作者，Evil Genius 今天我们参考的文章来自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[//www.greatytc.com/p/6c5d...
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳动物早期胚胎中只有少量多能干细胞；组织特异性干细胞通常只有少量存在于特殊的组织和...
收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。 1.初步探索 表达矩阵确实是空的，不过附件里提供了cel格式的原始...
由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
在图论[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m个符号的n维德布鲁因图是表示符号序列之间重叠的有向图[https://en...
背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 优点：利于分类整理结果。 两类测序bias 长度bi...
1 建索引 2 比对(若用于GATK，可不排序输出sam文件) 1)常规比对（一次2个吧, 用于差异分析） 2-pass模式（用于RNA数据的GATK--call_snp） ...
在下载参考序列的时候遇到了很多大坑，对于一些不理解的版本信息，极力推荐去官网的ftp下载目录中查看Readme文档 一、下载参考序列fasta及注释文件gtf、线粒体MT 人...
1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原来是坐标数值太大（也可以说是基因组size太大），超过了536,87...
写在前面 前天，我写了一个 TBtools 插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得 基因表达量矩阵（TPM） 和 基因读段计数矩阵（Count）。已经提过了，...
学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。 随着Hi-C...
前言 HiC数据的另外一个用途就是可以推断染色体的3D结构。小编也是第一次做染色体三维推断的分析，而网络上也很少能找到关于此分析的帖子，所以在这过程中也是踩了不少的坑，所...
基因组注释gtf文件或bed6文件转bed12文件 上一篇详细介绍了bed格式，尤其清楚的解释了bed格式中的最后三列，这三列对于理解bed12格式转换至关重要。 本文主要介...
基于Hi-C数据的深层挖掘和多组学联合分析已经成为了三维基因组领域的重要组成部分。而工欲善其事必先利其器，夯实基础方能垒砌高台。染色质构象各个层级的识别和鉴定的准确性会直接影...
