1. TOmicsVis R包简介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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写在前面的废话 经过这两周意外的断更,我明白了一个道理,人都是具有惯性的…… 两周没写公众号,我似乎都习惯了懒惰,文章不想更了,笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑,一...
Nature Reviews Genetics 20 周年 review合集非常不错,整理了最近几十年一系列前沿领域的综述、评论等,像之前关于RNA-SEQ非常热门的综述文章...
转录组分析是生信分析的一个基础和常见的分析流程,一般从下机数据开始,经过一系列的质控,基因组比对,差异分析等过程得到实验组与对照组(或者肿瘤中的转移组和原癌组)中差异表达的基...
在之前的学习和练习里,比对这一步我使用过bowtie2(DNA比对)和hisat2(RNA-seq比对),现在学习另一个很火的软件:STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
本次主要来理解一下什么是链特异性文库,为什么要构建这种文库。 首先要明确几个概念,对理解后面的讲解很有帮助: 基本概念 正链(forward strand): 我们可以理解为...
日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况,这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...
最近看到的一个新的绘制HiC数据热图的工具,记录一下. 安装1.1 创建新环境 1.2 pip安装 输入 coolpup.py -v 查看软件版本. 使用2.1 利用bed文...
Arrowhead(https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Arrowhead) 在以往的calling TAD 的软件比较中,往往把...