Rookie in Bioinformatics.
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以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
做富集分析的网页工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了, 如果基因的重要性有区别就勾选 "ordered q...
写在前面 近期辅助课题组成员做一些上游数据分析，于是跑了前面搭建的流程并准备了系列分析结果文件，大体如下： 在其中「差异表达分析」的文件夹中，有系列文件，包括 KEGG Pa...
写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
番红固绿染色（植物） 番红固绿染色（植物），是用于观察植物组织不同组织形态的一种染色，染色后，组织木质化、木栓化的细胞壁染成红色;纤维素细胞壁染成绿色;导管染成红色，筛管染成...
你的组学数据都存在哪里？NCBI，EBI....除了这些你还可以选择国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）。 2020年7月31日，国家基因库序列归档系统（CNSA）新增代...
本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA） 主成分分析：PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。...
一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
PCA和差异基因图是生信技能树[生信爆款入门课程]GEO数据挖掘的重点。为拓展课堂所学知识，现在找一个数据集对他们做下练习总结。 1.主成分PCA 图---- 2.top 1...
写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，这个处理起来就很合理，并且现在...
读取表达矩阵 去重复 b <- a[a$gene_name,] 去掉第一行第一列 rownames(c) <- c[,1] c <- c[,-1] 选择所需数据 a <- c...
