适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
KEGG通路数据库将通路分成了7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。见下图： [图片上传中...(image-45c15f-...
****今天来关注如何使用clusterProfiler系列包来分析GSEA** 导入包，导入数据 今天比昨天多导入了一个ReactomePA包，这个包也是Y叔开发用来分析R...
S4类 1.基于对象的编程 1.1 定义 1.2 检查 S4类特点： 类型检查 有效性检查设置 1.3 继承 此外，可封装 S4对象包括：类（class）、变量（slot）、...
主要用到两个重要函数，一个是.onLoad()，一个是.onAttach()。两者尽量选择前者。 .onAttach()一般用于在包启动时加载有用信息或建议。 这样用户可以通...
1.进去Reactome数据库[https://reactome.org/] 然后进去 2.打开下载的pdf可以看到以下内容 往下看可以看到对应的table 从这里可以获取感...
首先来谈第一个距离分析 关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spot distance-based analyses，距...
今天我们来到了单细胞空间联合分析的第五个部分，可能有部分同学有这样的疑问，为什么要分享和研究这么多的方法， 有一个不就好了么？这个问题，说明你站的高度还需要提升。好了，开始我...
测试单转+空转联合分析工具的文章 Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration metho...
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
作者，Evil Genius 现在的日子，关税在涨，物价在涨，钱是越来越难挣了。 什么东西在跌呢？工资在跌，房价也跌，房租反而涨了，生活的压力感觉越来越大了。 对于生信分析而...
原因是Anaconda3环境下，在执行conda install rpy2的时候，会自动安装一个R在X/Anaconda3/Lib/R/，调用rpy2，会默认将R的库指向X/...
又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...
Bioconductor软件包SingleCellExperiment提供了SingleCellExperiment类以供使用。当使用依赖于SingleCellExperim...
项目场景： 使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。 例如将adata_1和adata...
参考教程链接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
作者，Evil Genius 放假了，好好休息的同时也不要忘了抽出点时间回顾一下工作或者学习内容。 今天我们的目标 其实主要就是BuildNicheAssay函数。 准备好数...
安装reticulate包--连接R与Python的接口 普通的安装方法reticulate包版本太旧，容易报错，使用GitHub安装 library(devtools)in...