kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
IP属地：江苏
kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
step1：将fasta均分为N个文件，每个文件序列数目相等 参考这篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[//www.greatytc.com...
3.1人类微生物组数据研究的主题和统计假设 目前的微生物组研究主要有两个主题：(1)描述微生物组特征与生物、遗传、临床或实验条件之间的关系；(2)确定与微生物组组成相关的潜在...
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools： bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backt...
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器，是基于k-mer精确比对，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...
首先导入输入文件物种某水平的分类表 百分比转化 方式一 方式二 在微生物组数据分析中，样品分析之前我们经常需要对微生物组的丰度进行筛选, 过滤在任何样本中百分比小于1%的物种...
1. metaWRAP简介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据...
Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。conda以及github网址：ht...
barrnap是BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor（基础rRNA快速预测其）简写。barrnap可以预测细菌bacteria (5S,23...
导读 第一次做宏基因组还是在2018年，现在2021很多软件数据库大更新，这里搭建目前比较受认可的流程，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...
导读 1 MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2 MetaPhlAn结果合并和可视化3 GraPhlAn绘制进化树4 LEfSe寻找分类biomarker并可视化5 ...
感谢博主，帖子对我帮助很大，不过想问下楼主，什么更新如何用maaslin剔除其他因素的影响的讲解帖子？拭目以待
Qiime1-13.菌群组成与指标相关性分析（自带命令及MaAslin）你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。 metadata和菌群之间是...
Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“如何用R语言实现alpha多样...
