wangyao

导读 分箱就是将宏基因组测序数据组装得到的contigs根据四核苷酸频率和丰度模式进行打包分类的过程，一个包裹也就是一个Bin代表一种微生物。Metawrap的Blobolo...

wangyao

导读 非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA或average linkage)是一...

wangyao

  作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...

wangyao

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTU table， 距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usear...

wangyao

导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速...

wangyao

导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...

wangyao

@(Dayueban)[肠道菌群|alpha多样性|beta多样性] 导读 很多时候我们往往拿着现成的数据就开始分析了（因为有师兄师姐的代码啊教程啊），或者干脆是公司测序和分...

wangyao

文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...

wangyao

作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...

wangyao

本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16S rRNA数据分析小...

wangyao

更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...