以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
DNA的甲基化一般是抑制DNA表达的，即基因的甲基化水平越高，表达水平则越低，精子和大多数体细胞都符合这种模式。然而在卵细胞基因组中，许多转录惰性区呈现低甲基化特征。这种独特...
Nathan写于20200804。 由于最近开展了一些DNA甲基化的项目，跑了几个预实验的数据，结果还不错。所以在此记录一下分析步骤和代码。本次数据分析使用的软件是BatMe...
前言 首先，对3个R包进行简单介绍。methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处...
写于20201114这部分，我是进行了基因组各个组分的一些统计。详细内容如下： 01.DMR和NSR在基因组中各个组分的占比 02.基因组各个基因组成分（exon、intro...
