_拾荒

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTU table， 距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usear...

_拾荒

ComplexHeatmap学习笔记①Introduction to ComplexHeatmap package ComplexHeatmap学习笔记②Making A S...

_拾荒

LPSN全称List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature。源自1997，近期更新发表文章于2020。该数据库...

_拾荒

由于论文问题，这里重做了mantel test，所以记录一下完整的重做过程。首先是运行语言，这路选择R语言作为计算语言。 1 package ggcor作者删除了账号，不知...

_拾荒

主成分分析（PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-...

_拾荒

简介例1. 不同品种代谢产物OPLS-DA loading plot1 安装2 内置数据介绍 代谢物对个体性别的定性响应 - PLS执行PLS-DA结果参数解释模型评估常用可...

_拾荒

之前我们了解了基于相关性进行的一些多组学关联分析。那么在SCI论文中，还有一些比较受欢迎的多组学联合分析方法——机器学习。接下来，小易带大家学习下多组学关联分析“重器”...

_拾荒

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些...

_拾荒

嵌合体(Chimeras)是PCR阶段不正常的扩增过程所产生的序列。嵌合体由两条及以上的模板链组成，是PCR延伸阶段的不完全延伸造成的。 通常有1%的几率会出现嵌合体序列，而...

_拾荒

本文转自生信人https://www.shengxin.ren/article/16 1、简介 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原...

_拾荒

Aspera Connect软件是IBM旗下的商业高速文件传输软件，与NCBI和EBI有协作合同，可以免费使用它下载高通量测序文件，体验高速丝滑的过程。速度可飙至300~50...

_拾荒

SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，AB...