Gamma_ddaa

最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。 文...

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测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...

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①下载TXT文件和平台文件 若数据平台文件无gene symbol 和探针序列or GBlist，则无法注释。 ②ID转换 1.平台文件有gene symbol 平台文件改名...

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一、TCGA转录组数据下载及整理 ①进去先看cart是否为空，没有要清空。 ②下载转录组数据 基因表达量包括LncRNA和mRNA，用矫正后的FPKM下载3个文件 ③下载数据...

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一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...