Bacon_Chan - 简书

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Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-4-差异分析及功能注释
刘小泽写于19.10.24笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...

刘小泽
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珠江肿瘤
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珠江医院肿瘤科简书号，同时也欢迎大家关注我们的微信号！

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你好，请问这个在mac上的终端可以运行吗

计算TMB
id=TCGA.READ.muse.ec8ec3ad-f08d-46eb-9571-42806e304b37.DR-10.0.somatic.maf.gzzcat $id|g...

裁尘的人儿
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肿瘤突变分析神器-maftools包
得益于曾老师的介绍引导，了解此包。了解一个包，先看包的说明书，包的用法都在里面。maftools包说明书 1.安装包，加载包 source("http://bioconduc...

Dr_grass
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xuzhougeng
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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单细胞转录组视频课程学习
因地制宜的生信达人编，37 篇文章，525 人关注

课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线：课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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小梦游仙境
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TCGA肿瘤数据库知识图谱视频课程学习笔记
因地制宜的生信达人编，9 篇文章，234 人关注

视频在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ，如果大家R语言能力不够，就主要学习网页工具 https://www.cbioportal.org/ 等等，如果R语言还行，就看代码: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 如果确实有需要，还可以看看我们的付费内容：地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html
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肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁
TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全：广而告之说一个事，鉴于简书平台在信息传播方面有不足之处，应粉丝要求，...

医科研
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特征变量选择
鲲鹏的生信笔记编，11 篇文章，56 人关注

机器学习回归分析 lasso elestinet random forest svm 等 feature selection with R Boruta and caret package 使用机器学习算法，针对每个单独的特征和响应变量之间建立预测模型
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生信工具
白菜代码小推车编，111 篇文章，706 人关注

一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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9d760c7ce737
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全基因组/外显子组测序分析
鲲鹏的生信笔记编，81 篇文章，164 人关注

利用全基因组和外显子组测序分析snv,cnv,sv等突变形式
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肿瘤免疫微环境
鲲鹏的生信笔记编，37 篇文章，277 人关注

免疫细胞组分免疫基因 PD1 免疫治疗biomarker
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医科研
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公众号: 医科研<br>wechat: YKY7060
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lncRNA
生信修炼手册编，6 篇文章，61 人关注