看论文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica jun...
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看论文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica jun...
1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两...
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
现在有syri生成的vcf变异文件分布在每个文件夹里，提取每条染色体的变异数目。 脚本： 使用a.txt 画图，将数据读入R中， 绘制箱型图， 哎，写毕业论文去了
一、聚类 1.准备工作 （1） 研究目的 聚类分析是根据事物本身的特性研究个体分类的方法，聚类分析的原则是同一类别的个体有较大相似性，不同类别的个体差异比较大。 （2） 数据...
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（FIS，FIF，FST）。Fst...
01 非人灵长类动物单细胞转录组和调控组参考图谱绘制完成 非人灵长类动物在遗传、器官结构、生理功能、病理反应和生化代谢等诸多方面都表现出与人类相似的特征，其中食蟹猴已经成为医...
在处理ChIP-seq数据的时候，遇到这样一个问题：前期我的FASTA和GTF文件中染色体的名字是1，2，3......22这样的，但后期某些分析过程要求染色体名称必须以ch...
这个包有点恐怖，想来我写这个也有点胆战心惊。http://www.rqtl.org/官网。 我所有的内容的都是基于会安装R包的基础，假设你已经安装了qtl，当开始一项新的项目...
单核苷酸多态性（SNPs）是人类最常见的遗传变异，是研究疾病遗传基础的宝贵资源。在相关疾病研究中，常常涉及将基因表达的变异与基因型联系起来的表达数量性状位点（eQTL）分析；...
目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
1、啥是参考基因组和参考基因注释？ 俗话说“大道至简”，咱生物界表示：这我熟呀！君不见，我只用ATCG 四个碱基就能上天入地，外加海底两万里。嗯，没毛病！！自从 1990 启...
1. recos还可以这么玩 recos开发之初是为了展现同源染色体之间的共线性关系、序列结构差异和两个基因的各自特性，绘制出一个高质量可以放在文章中的图片。除了展示两个基因...
VCF文件的变异分布图，除了使用Circos图之外，统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图，为了节省时间，实现统计及绘图的自动化，现提供统计数量用的Python...
目录 前言[//www.greatytc.com/p/729673778e43] 方法简介[//www.greatytc.com/p/d9bd081763...
首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下： linux练习题 把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目 统计INDE...
好人一生平安！！蟹蟹你🙏
R语言如何成功安装stringi包2021.5.27一、我的环境 Win10，64位；Rstudio-1.3.1093R-4.0.3 二、解决方案 能看到我的文章说明大家肯定已经到了抓耳挠腮，甚至绝望的地步了，哈哈哈，加油，只...
2018-11-7 基因结构图绘制之gggenes 最重要的包参考链接补上 https://github.com/wilkox/gggenes 安装包 注意这里绘图需要将Rs...