前言 王向峰老师2020年发表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》（IF=6.597）上的文章。对于做数据分析的人来说，如何挖掘公共数据...
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前言 王向峰老师2020年发表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》（IF=6.597）上的文章。对于做数据分析的人来说，如何挖掘公共数据...
最近开始写大论文，需要查阅很多综述，并且导入到endnote里，随手记录下来，也许会帮助到大家。 Endnote的下载安装，推荐这篇：https://mp.weixin.qq...
表型数据的描述性统计，是对表型数据进行的基础分析，包括最大值、最小是、均值、方差、极差等。通过SPSS、Excel或者R都可以完成，R与其他两种方法对比，只需要简单的命令就可...
在上篇帖子中介绍了如何用qtl这个R包进行单QTL定位，但有很多复杂性状都是由多位点共同控制的。有些位点之间可能存在连锁，即加性效应或上位性效应，本篇文章将介绍如何通过二维双...
在进行单QTL和双QTL基因组扫描后，最好将确定的位点合并成一个联合模型，然后进一步探讨QTL的可能性。 在此工作中，我们使用由makeqtl()创建的QTL对象，利用fit...
ggcorr()是一个基于ggplot2，进行相关性矩阵可视化的R包。 官方说明书：https://briatte.github.io/ggcorr/[https://bri...
R真的很奇怪，在Windows下使用各种友好，一放到Linux里就各种花式报错，要是Linux还没有root权限，那实在是一项非常有挑战性的工作了，传统方法对于环境的要求很高...
保证关联分析成功的关键• 精确可靠的表型• 表型重复方差最小化，尽量减少非系统测量误差；• 表型的遗传力最大化。• 假阳性最低化：尽可能减少位点间的非连锁相关的影响• GWA...
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
Title: Genetic and phenotypic analyses reveal major quantitative loci associated to fru...
写在前面的话，不要用NCBI，不要用NCBI，不要用NCBI！！！重要的事情说三次！！！真的太垃圾了，气的我要爆炸，来回检查没错误就是下不了，换了EBI下载速度飞起，NCBI...
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...
常用的显著性阈值确定方法是：Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）...
在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
在前两篇帖子中介绍了数据的导入清洗，以及一步法构建网络，这篇文章将介绍网络构建的第二种方法，分步法。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
前面的文章中完成了数据导入和网络构建，下面是将基因模块与性状进行关联，从而识别与表型相关的重要基因。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
在前面的帖子中介绍了数据的导入和清洗，网络构建的两种方法，模块与性状的关联，这篇文章将介绍如果进行模块可视化。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jians...
