vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
主要参考资料：来自帝国理工学院的副研究员 Fabricia Nascimento的教程网站https://thednainus.wordpress.com/2017/03/0...
PopSizeABC的原理：1.根据观测数据（真实数据）估算SFS和LD2.考虑了大量随机种群历史变化情景。对于每个历史变化情景，都会模拟许多序列。这些序列可以反映相应的历史...
本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种[https://m.bio-equip.com/m/News?newsid=453083711&showInfoType=...
大豆又名菽，在我国已有5000多年的大豆种植历史。大豆起源于中国，由分布于黄淮流域（北纬32-40度）的野生大豆驯化而来。随后广泛传播到世界各地，为人类提供了主要的植物油料和...
Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解[https://mp.weixin.qq.com/s/LEaaLJLaLvrKgXtL1_0Vww] ...
目录 前言[//www.greatytc.com/p/729673778e43] 方法简介[//www.greatytc.com/p/d9bd081763...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
Title: Genetic Architecture and Genome-Wide Adaptive Signatures Underlying Stem Lentice...
1.箱线图 盒子内反映了半数的数据分布，因此盒子的高度反映了这些数据的波动状态，盒子越扁表示数据分布比较集中； 伸出去的胡须的上下边缘一般代表了数据的最大值和最小值(也可以设...
实际上，最近几年我已经参与了若干物种的基因组学项目。我一直在思考：除了提供一批数据之外，我们的研究还能对实际生产产生怎样的推动作用？基因组组装和基因注释在整个育种研究中处于什...
list转化为data.frame 在数据处理过程中会遇到各式各样的要求，格式转换、数据结构重构等需求可以说是家常便饭了，所以R语言本身也提供了很多数据格式转换的函数或者...
一、个体对群体遗传组成的影响 生物进化是群体遗传组成随着时间的变化而变化。我们的群体由不同的杂交个体组成，其遗传组成由每个个体携带的基因组组成。由于个体死亡或个体进出人口的迁...
