很接近bowtie2与bwa 1. 基本流程 1.1. 建立参考基因组hisat2-build可为UCSC、NCBI、Ensembl等来源的fasta文件，多个文件以逗号分隔...
IP属地：海南
很接近bowtie2与bwa 1. 基本流程 1.1. 建立参考基因组hisat2-build可为UCSC、NCBI、Ensembl等来源的fasta文件，多个文件以逗号分隔...
我从多灾多难的2020年的11月开始正式学习构建系统发育树，拖拖拉拉地学到12月。星座运势告诉我：“你想掌握地大部分技能都可以通过持续地坚持来获得。”我心想：信了你的邪。 下...
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，ATAC-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子...
单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
渗入片段检测（单倍型）基因组上的哪些片段是通过基因交流获得的以及它们的生物学功能 ●适应性基因渗透包含两个过程：基因渗透和适应。●基因渗透是指遗传成分从一个群体通过有性生殖的...
conda软件的使用： 1、创建虚拟环境： 2、进入虚拟环境（已创建的） 3、退出虚拟环境： 4、删除虚拟环境：删除名为xxx的环境 5、查看虚拟环境： 6、安装软件： 7、...
●在fastq-dump拆分SRA文件时遇到报错 解决方案： 因为NCBI上的下载链接从http变为了https，所以安装最新版sratoolkit即可解决问题 ●使用fas...
snpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库（ensembl的库） 但是ensembl的库有个缺点就是注释出来的基因是ensemblid，我们也不认识它是...
基因组发生重排而导致的,一般指长度1 kb 以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复变异。在基因组水平上，CNV ...
常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R语言绘图 admixture的可视化分为两种 2）pon...
在生信分析中，我们都需要借助曼哈顿图来可视化Fst、iHS等选择信号的分析结果，那么，如何绘制曼哈顿图呢？ 我们这里使用R语言中的qqman包来实现曼哈顿图的绘制 绘制之前需...
基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
趋同进化，是指亲缘关系较远的两个或多个类群由于长期处于相似的生活环境，受到相似的选择压力的影响从而进化出相似的功能或表型特征。例如，鸟类与蝙蝠为了适应飞行进化出相似的翅膀，鲨...
安装http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/注册 网站发送邮件 直接邮件下载 ...
montreal 生信人 2018-02-09 大家好！很高兴再次见面。本期，让我们进入最重要的主题：让数据说话，看看高水平专业期刊上发表的论文更青睐哪些软件进行进化树绘图。...
这篇文章的题目是《江豚种群基因组学揭示了一种适应淡水环境的鲸目动物》，主要内容是利用全基因组测序及重测序研究江豚种群分化和独特的适应性差异，解决了江豚的分类问题。 原文链接P...
一. 长读段比对 (Long-Read Mapping)常用的比对软件 长读段比对算法与一代/二代测序数据的比对算法有很大的不同，因为长读段通常更长、包含更多错误和变异，并且...
1) Projects always take longer than expected. There are inevitable delays and bumps in ...
