大神，您好，非常冒昧打扰，想请问一下，我有两批测序深度和细胞数量，测序平台都不一样的单细胞测序数据，我想用sctranform+CCA来整合，请问可以吗？在这个过程中遇到了features <- SelectIntegrationFeatures(object.list =ifnb.list , nfeatures = 2000)
Error in h(simpleError(msg, call)) :
在为'head'函数选择方法时评估'x'参数出了错: 'x'必需为基元
想请教大神这个问题是出在哪里了呀？
单细胞转录组数据分析||Seurat新版教程: Integration and Label Transfer前情回顾： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教...
在整合不同的单细胞测序数据的时候，会用sctransform(),再用cca进行整合；可不可以先用sctransform(）,再merge，再用harmony呢？
seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github网址：https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...
想请问一下，两个测序细胞量，测序深度有很大差异的单细胞数据想要合并在一起，这个推荐用什么整合方法呢？如果我先分别各自标准化，再进行直接merge，可以嘛？
单细胞测序-scRNA-seq数据的标准化处理我们都知道，从数据质控开始已经进入了scRNA分析阶段，在这个阶段开始测试代码，进行实操是很重要的。测试过程中出现的各种问题可能成为你学习路上的拦路虎。作图丫为大家总结单细胞...
老师您好，想请问一下，这个方法是否可以用于两种细胞的bulk-rna-seq之间的相互作用分析呢？然后我想请问一下如果是一种细胞有单细胞测序的数据，另一种是bulk-rna-seq的测序数据，要分析他们之间的相互作用请问可以用什么方法呢？
CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
@whitebird 所以就是我经过seurat3整合后的数据求cluster之间的差异基因，就设置RNA assay，然后直接用findmarker函数就可以了？是说findmarker函数里面会包含将rowdata进行normalization嘛？因为我查看seurat_object[RNA],它其实没有data数据，只有count数据
seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
@追风少年i seurat自带整合方法就是seurat3嘛？即CCA+MNN嘛？
10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点最近在进行单细胞相关的数据的处理，由于样本是不同的病理时期的，料想它们在测序的时候也是不同步进行的，因此认为批次效应也肯定是存在的，但是之前一直没有详细分享过这方面的问题，在...
最近在进行单细胞相关的数据的处理，由于样本是不同的病理时期的，料想它们在测序的时候也是不同步进行的，因此认为批次效应也肯定是存在的，但是之前一直没有详细分享过这方面的问题，在...
hello，大家好，随着单细胞数据越来越火，我们需要的基础知识也越来越多，也越来越精细，今天给大家分享一些分析的细节知识，所谓细节决定成败，也许自己的数据分析的不好，就是细节...
@TOP生物信息 噢噢噢噢，所以肿瘤异质性大的，就可能直接merge就行了，不进行去批次处理，对么？
单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比...
太棒了，受益匪浅，想详细问一下哈，所以其实harmony，这个方法虽然叫做整合算法，但其实本身有去除批次的作用，如果肿瘤病人异质性很大，所以其实想寻找保守的上皮细胞会损失掉其本身的生物学差异，所以就不做harmony整合分析之类的或者是CCA。但是免疫细胞本身很保守，如果它随着样品差异很大，就是要做整合分析
10X单细胞（10X空间转录组）整合分析批次处理之细节（harmony）hello，下半年开始，我们也要开始新的工作了，今天我们需要解决的问题有两个。 （1）细胞亚群细分的时候仍然要分开样本去除批次效应？？？harmony （2）harmony算...
hello，下半年开始，我们也要开始新的工作了，今天我们需要解决的问题有两个。 （1）细胞亚群细分的时候仍然要分开样本去除批次效应？？？harmony （2）harmony算...
如果是研究异质性不是很大的细胞，harmony整合之后需要进行批次处理嘛？还是harmony本身包含有批次处理？
单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比...
个人的理解，觉得整合分析和去批次还是不一样，整合分析是为了将不同条件的细胞类型一致
Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流下，识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括...
harmony分析是不是也包含了去批次？
单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析#R包导入 #数据 数据下载pbmc_stim 数据导入 #初始化Seurat 对象 使用Harmony之前，需要构建一个Seurat对象， 进行一个标准的Seurat分析（...
