导读 前面我们已经整合了高质量的细胞，现在我们想知道细胞群中存在的不同细胞类型 ，因此下面将进行细胞聚类分析。 学习目标 描述评估用于聚类的主成分数量的方法 根据重要的主成分...
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导读 前面我们已经整合了高质量的细胞，现在我们想知道细胞群中存在的不同细胞类型 ，因此下面将进行细胞聚类分析。 学习目标 描述评估用于聚类的主成分数量的方法 根据重要的主成分...
.rds和.rda（.Rdata的简称 ）文件都可用于以R本机格式存储R对象。 1. 与非本机存储方法（例如write.table）相比，此保存方法有多个优点： 更紧凑，读取...
目录前言 计算实例 纯度的计算公式2.1 结果的理解 兰德系数（RI）的计算公式2.1 计算方法1：列举法2.2 计算方法2：混淆矩阵2.2.1 混淆矩阵的计算（重点）2.2...
参考： 发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。 随着Hi-C...
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次检验假阳性率的指标（False positive rate） ；q value：衡量错误发现...
陈巍学基因-illumina测序原理官方-illumina测序原理步骤：一、sample prep（样本准备）：基因文库制备（一个基因组切断再加接头）二、cluster ge...
Shell 脚本一直以来不是很入门，很多时候就是用到再查，发现自己有几个重复用比较高的点，还是记录一下，至少查的时候能少费点功夫~~ 1. for 循环 （1）列表for循环...
一、技术原理 基因组研究的维度可以分为很多种，例如下图所示 其中Hi-C是研究三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformatio...
GEO 数据是生信技能树生信爆款入门课程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&i...
最近的一次组会上看到实验室的同学汇报的结果里有Hi-C的图，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技术的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全称是什么？ A: 高通量染色体构象...
目前针对GWAS分析有很多软件，比如Plink、 Tassel、Gapit、EMMAX、gemma和GCTA等等,这些软件通过输入基因型文件和表型文件，可以直接求出每个标记对...
小鼠基因组信息MGI(Mouse Genome Informatics)是实验小鼠的国际数据资源库，提供整合的遗传，基因组和生物学数据，以促进人类健康和疾病的研究。如可以直接...
上一篇：(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）[//www.greatytc.com/p/5ef81eca986c] 原文：Zh...
关键词：single-cell, Hi-C，3D chromosomal structure，random walk 文章概要 本文的作者团队开发了scHiCluster[h...
在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来，随着高通量测序成本的降低...
文章来自：Concepts and relevance of genome-wide association studies 我觉得读完这篇文章需要认识SNP, Haplot...
1.新建一个excel空文档 2.打开这个新建的空文档，找到“数据”一栏，然后点击“自文本” 3.接下来就会弹出一个文本框，选择要导入成excel文本的CSV文件。 4.接下...